Хотя положение о наказаниях, несмотря на последующие дополнения, в основе всегда было тем же, в его применении за время от святого Василия до святого Феодора возникли достаточно большие различия. Например, настоятель Студийского монастыря очень часто применяет посты и отделение от общины, которые крайне редко встречаются у святого Василия в его перечне наказаний. Святой Феодор приговаривает к посту не только монахов, пренебрегающих изучением псалмов или отсутствующих в трапезной, как делал Василий, но и тех, кто отсутствовал на каком-либо богослужении или недостаточно старательно участвовал в нем; кто не слушает уроки основ веры, которые дает ему игумен; кто не меняет одежду каждую неделю; кто держит у себя какую-нибудь вещь без разрешения настоятеля; кто ведет мирские разговоры; кто не выполняет предписанную ему епитимию; кто ест вне трапезной; кто чувствует искушение нарушить воздержание, и вообще всех, кто явным образом проявляет непослушание. Лишение святого причастия у святого Василия предписано лишь три раза – для тех, кто владеет чем-либо в монастыре или вне его, кто выходит из своего монастыря без разрешения и кто замышляет его покинуть. Это действительно были тяжелые провинности для монахов, давших обет жить бедно и постоянно находиться в своем монастыре. Святой Феодор назначал за эти провинности то же самое наказание, но определил его продолжительность и добавил дополнительные епитимии. У него тот, кто владел какой-нибудь вещью тайно от игумена, лишался святого причастия на пятнадцать дней, кроме того, должен был питаться только хлебом и водой и пятьдесят раз преклонить колени. Тот, кто выходил без разрешения, должен был кроме основного наказания, которое продолжалось восемь дней, преклонять колени сорок раз. Для того, кто планировал тайком выйти из монастыря или покинуть его, наказание продолжалось тридцать дней, к нему добавлялись сто коленопреклонений каждый день и сухоядение. В «Епитимиях» студийских монахов это же наказание назначалось и за многие другие провинности: им карали, например, монаха, который посмел противоречить настоятелю, сел за стол для мирян, смеялся в общественном месте, появился на людях без капюшона или поцеловал женщину, даже родную мать, даже в праздник Воскресения Христова. Намного дольше было отлучение от причастия за все прегрешения против монашеской трезвости и против воздержания. На двенадцать лет отлучали монаха, который бежал из своего монастыря.
Отделение от общины у святого Василия – самое частое наказание; Феодор применяет его реже. Первый из них сам установил длительность отделения за некоторые провинности – восемь или пятнадцать дней, но обычно оставлял это на усмотрение игумена. Второй же всегда точно определял длительность наказания. В зависимости от тяжести проступка оно могло продолжаться один день, три дня, восемь, двенадцать или пятнадцать дней и в некоторых случаях дополнялось постом и коленопреклонениями. Провинности, за которые полагалось наказание отделением, у обоих писателей-монахов почти всегда одни и те же – прегрешения против порядка монастырской жизни, против милосердия к другим братьям и против послушания настоятелю; причем второй из них явно имел склонность увеличивать суровость этой кары. Например, монаха, который отказывался помириться с другим братом, святой Василий наказывал отделением на неделю, а святой Феодор Студит – отделением на две недели, сухоядением и пятьюдесятью коленопреклонениями. Монаха, который по небрежности забыл причаститься, святой Василий только лишал благословения и ничего не написал о тех, кто отсрочивает исповедь. Настоятель Студийского монастыря приговаривал к отделению на один день тех, кто по собственному почину пропускал святое причастие или пятнадцать дней не приближался к таинству покаяния.
Наказание коленопреклонением было неизвестно святому Василию, а среди студийских епитимий оно – самое частое. Как единственное наказание оно назначалось за легкие нарушения дисциплины. Им карали того, кто во время литургии больше одного раза выходил из церкви или садился, кто не повиновался третьему удару била, кто не покидал трапезную сразу после молитвы, кто болтал или смеялся после повечерия, кто кричал слишком громко, кто не отвечал сразу, если его звали, кто за столом улыбался или вел бесполезный разговор, кто в воскресенье не надел свою великую одежду, кто спал ночью без пояса.