После бед монастырь всегда восстанавливался, чему активно способствовали его состоятельные покровители. Например, на вклад царя Алексея Михайловича Романова построили в 1664 г. крепостные стены. В конце ХVII в. монастырю покровительствовали Нарышкины и сама царица Наталья Кирилловна Нарышкина (1651–1694, вторая жена царя Алексея Михайловича и мать царя Петра I), тогда он ощутимо увеличил свое состояние. К 1763 г. все основные здания монастыре были каменными. Но период расцвета, богатства, экономического процветания, монастыря прервала в 1764 г. секуляризация церковных земель, проведенная при императрице Екатерине II. К концу ХVIII в. монастырь находился в упадке, но в ХIХ в. вновь благоустраивается и становится известным.
В ХIХ в. в монастыре активно велись строительные и ремонтные работы. В 1840 г. взамен старой построили новую колокольню, во втором ее ярусе устроили храм во имя Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. Этот храм в 1843 г. освятил сам митрополит Московский Филарет (Дроздов В.М.), позже канонизированный Русской православной церковью.
К началу ХХ в. Высоцкий монастырь сохранял внешнюю привлекательность, обладал значительными духовными, художественными, историческими ценностями, был одним из самых благоустроенных во всей России. В нем действовали семь храмов. В храме святых Афанасия и Сергия с большим почетом покоились мощи местночтимого преподобного Афанасия Младшего (второго игумена монастыря). В монастырской ризнице хранились три принадлежавшие Сергию Радонежскому ризы, походная церковь-складень царя Бориса Федоровича Годунова, другие ценности. В обители было много древних и очень ценных икон.
В 1920-е гг. Высоцкий монастырь закрыли. Монахам велели покинуть монастырь, поскольку в Братском корпусе расположились латышские стрелки. К тому времени в монастырь переселились монахини соседнего закрытого Владычного монастыря, что еще более усугубило проблемы иноков и инокинь этих двух закрытых монастырей. До 1931 г. в закрытом монастыре богослужения совершались в Покровском храме, их вел последний архимандрит обители Пантелеймон, но его арестовали в 1931 г. и храм закрыли. Затем монастырь превратили в тюрьму, где производились массовые расстрелы, затем ее вывели отсюда. После Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. монастырские строения использовались как склады, кроме того, в них было жилье. Постройки монастыря ветшали, некоторые из них снесли. Была утрачена часть крепостных стен и храм Всех Святых. В 1960—1980-х гг. бывший монастырский корпус реставрировали.
В начале 1990-х гг. началось возрождение Высоцкого монастыря, в 1991 г. его открыли. В том же году начались богослужения в храме Трех Святителей, восстановили Никольский храм. В 1994 г. стал действовать храм Покрова Пресвятой Богородицы, где теперь пребывает почитаемая чудотворная икона Божией Матери «Неупиваемая чаша» и обретенные в том же году мощи преподобного Афанасия Высоцкого Младшего. С 1996 г. стал действовать храм преподобного Сергия.
Икона Божией Матери «Неупиваемая чаша» была обретена в ХIХ в. в соседнем Серпуховском Введенском Владычном монастыре, она тогда прославилась многими исцелениями от страсти к пьянству. С этой чудотворной иконы сделали много списков, и некоторые из них также прославились исцелением от недуга пьянства, табакокурения, а теперь и наркомании. Эти списки также стали почитаться чудотворными.
В монастыре пребывают и другие святыни: ковчеги с частицами мощей более 200 святых, иконы-мощевики и старинные иконы. В храмах монастыря немало икон, почитаемых как чудотворные. Среди иных святынь – части Древа Животворящего Креста Господня, Гроба Господня, частицы Гвоздя Распятия Христова, Пояса Пресвятой Богородицы, части Дуба Мамврийского, камня, на котором 1000 дней и ночей молился преподобный Серафим Саровский, Древа куста Неопалимой Купины со Святой горы Синай, епитрахиль святого праведного Иоанна Кронштадтского и др. В монастыре есть издательский отдел, издается газета «Свете Тихий».
Теперь монастырь снова принимает паломников на несколько дней; в нем есть мужские и женские гостиничные кельи.
Высоцкий Серпуховский монастырь в наши дни является ценным архитектурно-художественным комплексом.
Собор Зачатия Пресвятой Богородицы (конец ХVI в.) – это главное сооружение монастыря, крестово-купольный, четырехстолпный, увенчанный пятиглавием храм. Он поставлен на подклет, занятый усыпальницей, с трех сторон его окружают двухъярусные сводчатые галереи. Его особенностью является граненая форма апсид. Архитектура Зачатьевского собора сложилась под влиянием воздействия на его автора архитектурно-художественного облика Успенского собора Московского Кремля и других лучших образцов крупных монастырских и городских соборов, характерных для древнерусского зодчества ХVI в.