Самостоятельная высадка Северным флотом десантов автоматически снимала вопрос о единстве командования. Однако при планировании десантных операций на Балтике просматривалось «двоевластие». Во всех десантных операциях КБФ организация командования определялась директивой Военного совета КБФ и представляла собой следующую схему: а) общее руководство операцией – Военный совет КБФ; б) командующий операцией – командующий МОР; в) командир высадки – командир соединения кораблей, он назначался Военным советом КБФ; г) командир десанта – назначался армейским командованием. В тех случаях, когда операция проводилась целиком силами флота, командир десанта назначался Военным советом КБФ.[425]
Организация командования в морской десантной операции определялась составом сил, привлеченных к участию в данной операции. В операциях, где принимали участие значительные силы флота и армии, там организация командования строилась в соответствии с НМО-40. В этих случаях командирами отрядов назначались командиры соединений, которые по своему тактическому предназначению выполняли свойственные им функции. Командиром высадки назначался в большинстве своем командир ОВР МОР. В десантных операциях, удаленных от баз, командиром высадки назначался один из командиров соединений, действующих в данной операции. Так, в Лане-Мехикоормской операции командиром высадки был назначен командир бригады шхерных кораблей, а в Моонзундской – командир бригады торпедных катеров. Однако в полном объеме организации командования, которая рекомендовалась руководящими документами ВМФ, в десантных операциях КБФ не было. Причинами этому послужили: во-первых, масштабы десантной операции, не требующие полной организации командования, во-вторых, состав сил, не позволявший организовать ее так, как хотелось бы, и, в-третьих, незначительное удаление районов десантной операции от баз и линии фронта, то есть внутри своей операционной зоны. В том случае, когда операция проводилась сравнительно глубоко в тылу противника (Тулоксинская десантная операция) и в ней принимали участие значительные силы, то и организация командования была близкой к типовой схеме.
Однако все это не давало права командующим операцией не планировать обратную посадку десанта (эмбаркацию), и, безусловно, такое положение является одним из существенных недостатков десантных операций КБФ. Значительно хуже дело обстояло с командующим десантной операцией и, как последствие этого, с подчинением десанта. Как правило, операцией командовало несколько лиц и при этом сплошь и рядом в документах на операцию отсутствовало само наименование «командующий десантной операцией».[426]
Так, Моонзундской десантной операцией фактически руководили два человека: действиями на суше – командующий 8-й армией генерал-лейтенант Ф. Н. Стариков, действиями на море – вице-адмирал И. Г. Святов. Более того, в ходе операции к руководству силами подключились начальник штаба Ленфронта и командующий КБФ. Им подчинялась армейская и флотская авиация.[427] Это снижало ответственность командующих этой операцией.В некоторых десантных операциях, особенно в Керченско-Феодосийской, организация командования была отработана нечетко. Командующий Керченско-Феодосийской десантной операцией (командующий войсками Закавказского фронта генерал-лейтенант Д. Т. Козлов) не осуществлял полного руководства подготовкой и высадкой, а ограничился изданием директив из Тбилиси.[428]
Заместитель командующего по морским вопросам назначен не был, вследствие чего командующий Черноморским флотом вице-адмирал Ф. С. Октябрьский не мог осуществлять руководство всеми военно-морскими силами, выделенными для участия в десантной операции, в том числе и силами Керченской военно-морской базы и Азовской флотилии, которые были выведены из его подчинения и подчинены командующему 51-й армией генерал-лейтенанту В. Н. Львову.[429] В результате фактически силами в операции командовали пять лиц: командующий войсками Закавказского фронта, командующие 51-й и 44-й (генерал-майор А. Н. Первушин) армиями, командующий Черноморским флотом и командующий Азовской флотилией контр-адмирал С. Г. Горшков. Поэтому десантные отряды Азовской флотилии и Керченской военно-морской базы (командир контр-адмирал А. С. Фролов) действовали по своему усмотрению и весьма неорганизованно.[430] Командиры десантов на переходе морем не подчинялись морскому командованию и в ряде случаев командовали отрядами кораблей, отказывались от высадки и направляли корабли в другие пункты или в базу.[431]