Продемонстрировав решимость афинян, Геродот довел сухопутную кампанию до победы при Платеях, после чего вновь обратился к морю. Весной греческий флот, преимущественно афинский, но под командованием спартанцев, отплыл для нападения на персидский флот у острова Самос, воодушевленный сообщениями о том, что ионийцы собираются восстать. Предупрежденные или испытывающие нехватку денег, персы отбросили финикийский контингент, а остальные, укомплектованные ионийскими греками, бежали к мысу Микале. Здесь корабли были вытащены на берег, окружены наспех построенной крепостью и охранялись значительным войском. Не обращая внимания на такое сопротивление и при поддержке ионийских повстанцев, греки высадились на берег, построились и под предводительством афинян ворвались в крепость. Разграбив лагерь, они сожгли персидский флот. Победа подтолкнула к восстанию еще больше ионийских городов, что открыло фундаментальное столкновение культур, ставшее причиной следующей войны. Спартанцы хотели переселить ионийских повстанцев в материковую Грецию, афиняне предпочитали создать ионийскую империю. После того как Греция оказалась в безопасности, спартанцы разошлись по домам, оставив командовать афинянина Ксантиппа.
Освободив Ионические острова, флот отправился на север, к Геллеспонту. Обнаружив, что знаменитый лодочный мост Ксеркса рассыпался от ветра и волн, греки осадили и захватили Сестос, европейский конец моста, посвятив швартовые тросы - ключи от Европы - в афинском храме. Изгнав варваров из Европы, Ксантипп оставил мрачное предостережение для других потенциальных завоевателей, став драматическим финалом циклической истории Геродота о подъеме и падении персидской империи.
При падении Сестоса греки захватили сатрапа Артасита, которого они считали виновным в убийстве, воровстве и осквернении священной земли. Несмотря на предложение подходящей взятки, Ксантипп не проявил милосердия: "Прибив его к доске, они оставили его висеть на ней. Что же касается сына Артасита, то его забили камнями до смерти на его глазах". На руках Артасита была не только греческая кровь, но и то, что его дед побудил Кира начать нечестивые войны Персии за империю, делало наказание праведным, уместным и подходящим. Распятие Артасита, акт беспрецедентной жестокости, несло в себе мощное послание. Ксеркс должен был спокойно оставаться в Азии, а его поражение было предрешено поражением и гибелью Кира и Камбиза в тщеславном стремлении к универсальной монархии. Победа афинян восстановила равновесие - главную цель любой морской державы.
После изгнания персидской власти из Европы место действия неизбежно переместилось в политику Греции: вторая Пелопоннесская война бушевала, когда Геродот заканчивал свою книгу около 430 г. до н.э. В то время как Афины и Спарта боролись за гегемонию в греческом мире, его аудитория искала героев и примеры в Персидской войне. Геродот, намеренно проецируя исторические события на современность, сделал афинскую решимость и целеустремленность одновременно и важнейшим условием победы Греции в 480 и 479 гг. до н.э., и "угрозой греческой свободе, причиной неизбежных конфликтов и страданий". Он проводит эту тему через весь текст, используя сюжетный прием иронического предвосхищения, предлагая читателям и слушателям связать прошлое и настоящее. Фукидид заставляет Перикла цитировать Геродота в "Погребальной оратории" 430 г. до н.э., подчеркивая тематическую преемственность двух авторов и современность текста Геродота. Влияние критики Геродотом афинского империализма на Фукидида редко признается.
Увлеченный разнообразием, выраженным в культуре, текст Геродота представлял собой длительное упражнение в сравнении и сопоставлении различных культур, а нитью повествования служил подъем императорской Персии, грозившей навязать греческому миру чуждую монокультуру. Он предвосхитил следующее экзистенциальное столкновение культур, постоянно противопоставляя спартанцев, лишенных амбиций и дальновидности и довольствовавшихся лишь изгнанием варваров, и экспансивных, динамичных афинян. Фукидид развил аргумент о том, что причиной Пелопоннесских войн стало расхождение культур. Спарте было нечего опасаться в плане морской стратегии, она была фактически самодостаточна и доминировала в военном балансе. Спартанцы опасались афинской культуры морской мощи, радикальной демократии, империализма и экспансии, которые вылились в строительство "Длинных стен", превративших Афины в стратегический остров в Аттике и бастион имперского величия, гораздо больше, чем ее трирем. По мере того как Афины превращались из демократического государства в морскую державу, радикальное сочетание военно-морской мощи и демократической политики угрожало существующему балансу сил в Греции, бросая вызов персидскому империализму и спартанской власти. Символами афинской империи стали триремы и афинское величие.