После начала Первой чеченской войны Аллахшукюр Паша- заде призвал Россию остановить кровопролитие и заявил, что претензии к генералу Дудаеву не должны вести к страданиям всего чеченского народа. «Не силой оружия, а мудрой политикой Россия может завоевать уважение народов Кавказа», — отметил он в специальном заявлении, опубликованном в парламентской газете «Азербайджан». После этого шейх-уль-ислам не раз критиковал политику России на Кавказе, однако делал это корректно и конструктивно, что заметно контрастировало с резкими выпадами других зарубежных мусульманских лидеров83
.Постепенно авторитет ВРСНК рос, и шейх-уль-ислам Аллахшукюр Паша-заде предпочитал в первую очередь представляться как глава именно этой организации. Разобщенные после распада ДУМСК северокавказские муфтияты начали реинтеграционный процесс с вхождения ВРСНК, руководство которого помогало им не только морально, но и материально. Международные контакты ВРСНК помогли мусульманам региона выстроить правильную внешнюю политику и своевременно осознать всю опасность ваххабитской экспансии. Кроме того, созданный Аллахшукюром Паша-заде альянс духовных лидеров оказался эффективным механизмом межрелигиозного диалога, что получило высокую оценку Русской Православной Церкви.
Впоследствии муфтии Северного Кавказа интегрировались непосредственно в Управление мусульман Кавказа, в уставе которого отмечалось, что оно является высшим центром религиозных общин мусульман, проживающих в регионе Северного Кавказа. Альянс северокавказских муфтиев с Управлением мусульман Кавказа стал добровольным и не накладывающим на них особых обязательств — законодательство Российской Федерации не позволяло им в полной мере ориентироваться на религиозный центр, находящийся в другом государстве84
. 27 июля 2003 г. муфтии Координационного центра мусульман Северного Кавказа приняли участие в XI Съезде Управления мусульман Кавказа, где вместе с другими делегатами проголосовали за избрание Аллахшукюра Паша-заде пожизненным председателем этого управления85.Пик расцвета ВРСНК пришелся на 1998 г., когда в Баку открылись X съезд мусульман Кавказа и приуроченная к нему конференция «Современность и религиозно-нравственные ценности».
1 октября 1998 г. в Баку собралось более 700 духовных лидеров Кавказа и гостей из других регионов, которые переизбрали шейх- уль-ислама Аллахшукюра Паша-заде на посту председателя ВРСНК и приняли ряд обращений, в частности, попросив российские власти уделить особое внимание теракту, унесшему жизнь лидера мусульман Дагестана муфтия Саид-Мухаммада Абубакарова86
.Делегации высокого уровня в Баку направили правительство Российской Федерации и Русская Православная Церковь, страны Центральной Азии, Саудовская Аравия, Турция и Иран. Выступивший на открытии Съезда президент Азербайджана Гейдар Алиев призвал религиозных деятелей разработать советы и рекомендации по использованию ценностей ислама в современном мире, прежде всего при решении региональных конфликтов. Важным фактором спокойствия и стабильности в регионе глава азербайджанского государства назвал развивающееся в последнее время сотрудничество светских и религиозных властей87
.В 2002 г. в Москве открылось представительство Управления мусульман Кавказа, которому были переданы помещения, в советское время занимаемые Отделом международных связей мусульманских организаций СССР. При этом Аллахшукюр Паша- заде особо отметил, что эти помещения были переданы ему при содействии Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II88
.В 1997 г. при активном участии шейх-уль-ислама Аллахшукюра Паша-заде был воссоздан Отдел международных связей мусульманских организаций СССР, зарегистрированный под названием «Международной исламской миссии» (МИМ). Президентом и вице-президентом МИМ стали близкие сподвижники шейх- уль-ислама Тагир Халилов и Сабир Мамедов, курировавшие вопросы внешней исламской дипломатии еще в советский период. Пост исполнительного директора МИМа занял первый муфтий Кабардино-Балкарской Республики Шафиг Пшихачев.
Главными целями МИМа были следующие: противодействие экстремизму и терроризму; укрепление дружбы между народами независимо от вероисповедания и расовой принадлежности; распространение народной дипломатии; воспитание патриотизма у подрастающего поколения и, что особенно важно — укрепление авторитета России на мировой арене89
.Особое внимание новая структура стала уделять восстановлению разрушенных связей между мусульманами СНГ, в первую очередь — с мусульманами Средней Азии. Представители МИМ сумели наладить постоянные контакты с ведущими исламскими учебными заведениями Узбекистана, муфтиями Казахстана, Киргизии, Таджикистана, Украины и других республик СНГ. Со временем эта работа создала подходящую почву для объединения мусульман СНГ в постоянно действующую структуру.
Из международных мусульманских организаций самым близким партнером МИМа стала ливийская Всемирная ассоциация исламского призыва, в заседаниях которой принимали участие еще лидеры мусульман СССР.