Боязнь безбожия и непрерывные сообщения о росте атеизма наполняют церковную печать на протяжении всей второй половины прошлого века. Тема атеизма не сходит со страниц духовных журналов. Успехи публичных естественнонаучных лекций, которые в 1860-х годах устраивались в Петербурге, Москве, Тифлисе и других городах, собирая многочисленных слушателей, вызвали смятение у руководителей церкви. Некоторые богословы готовы были выступить с публичными лекциями против естествознания и атеизма. Митрополит Филарет, ведавший учебными делами церкви, возражал им, боясь, что провал публичных лекций богословов на естественнонаучные темы послужит подрыву авторитета церкви. Он патетически взывал: „Поберегите жемчуг святой истины, чтобы его неосторожно не уронить под ноги свиньям!.. Пусть в университетской церкви в каждый воскресный и праздничный день один или несколько проповедников по очереди произносят проповеди против тех лжеучений, которые распространяются светскими лекциями“ (Собрание мнений., 1887, т. 5, с. 69).
Все же с „Публичными чтениями о неверии, преимущественно современном“ выступил в 1863 г. профессор Петербургской духовной академии А. Предтеченский. Эти чтения под названием „Что разумнее: вера или неверие?“ были напечатаны в том же году в журнале „Христианское чтение“, а потом выпущены отдельной книгой. Речь шла „о болезни неверия“, которое состоит „в ненадлежащем, неестественном отношении разума к вере“, доходящем до непризнания за последней права на существование». «Так именно трактовали и трактуют веру и религию два наших толстых периодических издания — „Современник“ и „Русское слово“ — и некоторые мелкие их спутники». Особенно беспокоил Предтеченского союз философского материализма с естествознанием. «Как на особенно характеристическое знамение нашего времени мы можем еще указать на. обилие, в каком выходят у нас в свет сочинения так называемых „философов естествоиспытателей“, отличающиеся положительным, в других словах атеистическо-материалистическим, направлением». Надо полагать, речь шла о Сеченове. Лектор призывал «сражаться с врагами веры» (Предтеченский, 1964, с. 6–7).
Церковная печать — от богословских трудов до массовых журналов, от наукоподобных методологических разработок в помощь профессорам духовных академий и семинарий до прямых инструкций и текстов проповедей, заготовленных для сельского духовенства, — сообщает о росте антирелигиозных воззрений. Примечательно появление специальных указаний церкви по борьбе с материализмом и атеизмом. Церковь предписывала «искоренять неправые учения и ложные мудрствования».
В статье «Пастырские заметки касательно борьбы с материализмом», помещенной в качестве редакционной передовой в трудах Киевской духовной академии, утверждалось, что «в народе со всею силою появляется дух, при котором он отводит взоры свои от христианства». Автор статьи с тревогой писал: «Кому неизвестно, как тысячи тысяч удаляются от церкви и ее исповедания, потому что считают себя выше того, чтобы пользоваться руководством пастырей и верить старым толкам о бессмертии и суде?» (Труды Киевской духовной академии, 1863, янв., с. 8). Далее писалось, что материализм, «почти уклоняясь от философских доказательств и ученого изложения, преимущественно на основании новейших результатов естествознания, образовался в такое мировоззрение, которое не только враждебно христианской жизни, но и совершенно уничтожает ее. Его природа состоит в отрицании всего божественного и духовного» (там же, с. 7). Статья была направлена против «пресловутой антропологической мудрости новейшей естественной науки» (нетрудно догадаться, что здесь разумелась работа Чернышевского) и была программной — ее целью было научить, говоря словами автора, «как пользоваться оружием слова божия для успешного отражения материализма нашего времени».
Наиболее дальновидные идеологи православия, одним из них был митрополит Филарет, требовали от богословов гибкости в борьбе с атеизмом. Филарет указывал синоду на его неповоротливость, на боязнь отойти от старых, укоренившихся форм религиозной пропаганды. «Не всегда древнее время может быть образцом новому, имеющему новые потребности», — поучал он (Собрание мнений., 1886, т. 4, с. 250).
Психологические проблемы в условиях пореформенной России приобретают все большее значение в деятельности церкви. Выделение психологии из философии происходило, как уже говорилось, в острой идейной борьбе двух направлений в психологии — материалистического и идеалистического, православная церковь стала активным участником этой борьбы. Ни в какой мере она не хотела упускать психологию из своего ведения. Необходимость борьбы с материалистическим направлением в психологии не вызывала сомнения. В распространяющейся и укрепляющейся материалистической психологии церковь видела опору атеизма, которого так страшились и духовенство, и самодержавие, видела угрозу учению о бессмертии души.