При таком положении дел в марте 1809 г. Густава свергли с престола в результате дворцового переворота. Причины этого переворота, по традиции приписываемые личным слабостям короля, на самом деле заключаются в его внутренней политике, а военные катастрофы стали для него лишь предлогом. Густав, психически неустойчивый человек и никудышный военачальник, за тринадцать лет, прошедших с дня его восшествия на престол, провёл ряд важных административных и финансовых реформ, которые облегчили работу правительства, повысили доходы государства и сократили расходы. Король, будучи настоящим просвещённым самодержцем, продолжал традиции своего отца, который последовательно стремился к тому, чтобы сломить могущество дворянства (что и стало причиной его убийства в 1792 г.). Между тем под влиянием таких сельскохозяйственных реформаторов, как Рутгер Маклин (Rutger Maclean), он также ввёл в действие законодательные акты, которые открыли путь к полной перестройке шведского сельского хозяйства через объединение разрозненных крестьянских наделов в крепкие фермерские хозяйства, увеличение доли земли, принадлежащей крестьянам, и смягчение их трудовых повинностей. К 1808 г. мощная группировка дворянства, к тому же раздражённая сокращением расходов на содержание двора, склонностью Густава назначать на высокие посты недворян и разрывом с Францией (дипломатическая и военная верхушка в целом всегда была настроена на сохранение союза с Парижем), открыто поссорилась с престолом, а война предоставила ей прекрасную возможность взять реванш. В Стокгольме образовалась группа заговорщиков, побудительными мотивами которой являлась смесь страха и недовольства, разработавшая план свержения короля, совершенного изменения внешней политики Швеции и полного разрушения густавовского абсолютизма; у заговора вскоре нашлись приверженцы среди командующих несколькими шведскими армиями. Ситуация достигла апогея 9 марта 1809 г., когда командующий шведскими войсками на норвежском фронте, договорившись сначала с противником о перемирии, выступил во главе своих войск на Стокгольм. Густав тут же обратился за помощью к королевской гвардии, но быстро выяснил, что на неё больше нельзя полагаться: в точности то же самое случилось год тому назад в Испании, гвардия показала, что она орудие скорее не короны, а дворян, монополизировавших её офицерский корпус. Итак, 13 марта шесть гвардейских офицеров арестовали Густава без малейших поползновений на сопротивление с его стороны, а за этим последовало объявление о создании регентского совета во главе с его дядей, герцогом Карлом, и созыв традиционного сословного собрания, риксдага. Более того, в июне, Карл, который давно высказывался против традиционной политики Густава, был избран королём под именем Карла XIII, а самого Густава отправили в изгнание.