Положение для Невельского сложилось весьма трудное. Он, больше чем кто-либо, понимал: промедлить — значит потерять Амур для России. Но и касаться Амура ему было строжайше запрещено. И Невельской махнул рукой на запрет, рассудив, что суд истории выше суда царских вельмож, что совесть патриота, судьба Родины дороже личной карьеры и даже самой жизни.
1 июля, взяв с собой шесть матросов и двух местных переводчиков, Невельской на шлюпке отправился «завоевывать», как иногда пишут недоброжелатели, реку Амур.
Завоевывать было не у кого. Гиляки встречали его ласково и приветливо, с доброжелательством выслушивали слова о том, что отныне они — подданные великой России, которая защитит их от всех врагов и притеснителей. Слова о защите нравились гилякам, поскольку маньчжурские купцы, которые иногда вопреки запретам своих властей добирались до этих мест, вели себя недобросовестно, обманывали, грабили, уводили с собой женщин и продавали их в Маньчжурии. Купцы угрожали, что если гиляки будут сопротивляться, то они сбросят в Амур священные каменные столбы, от чего река станет бурливой, исчезнет рыба и все местные жители умрут с голоду.
Гиляки не побоялись показать Невельскому свои священные камни. Это были четыре столба, установленных русскими на прибрежных утесах два века назад. На них были высечены даты — «1649», «1663» и славянская буква «Б». Невельской выбил на камнях еще одну дату — «1850», отправился в гиляцкое селение Куег-да, собрал всех жителей, построил свою немногочисленную команду и под барабанный бой и дружный салют из пяти ружей и одного фальконета поднял русский флаг на Амуре. «Тихо и мирно 1-го августа при свисте воинских дудок взлетел флаг русский на берегах Амура, — писал потом Невельской. — Да будет он развеваться на вечные времена во славу матушки-Руси»…
Так начиналась история города Николаевска-на-Амуре.
То-то было переполоху в Петербурге. Нессельроде, забыв о сановной чопорности, стучал по столу и кричал, как извозчик. Особый правительственный комитет постановил разжаловать Невельского в матросы с лишением всех прав состояния, а поставленные им на Амуре посты снять и упразднить.
Выручил Муравьев. Испросив аудиенции у царя, он изложил ему суть дела.
— Поступок Невельского молодецкий, благородный и патриотический, — сказал царь, — и где раз поднят русский флаг, он уже опускаться не должен.
Однако Нессельроде не отступил. И Особый комитет, собравшись на очередное заседание, постановил оставить Николаевский пост на Амуре лишь в качестве лавки Российско-Американской торговой компании и никаких дальнейших шагов в этом крае не предпринимать.
Но Невельской, оставленный начальником Амурской экспедиции, имел свое мнение. Снова предприняв трудное путешествие в Петербург, выслушав все недобрые и добрые для себя вести, он отправился обратно на любезный ему Амур. На этот раз с молодой женой Екатериной Ельчаниновой, пожелавшей разделить трудную судьбу мужа.
Женщина есть женщина. Помимо всяких прочих вещей она повезла с собой гарнитур для гостиной. Невельской не стал разочаровывать молодую жену, говорить, что дорогая мебель будет не слишком уместна в пустынном диком краю, в тесной избушке из сырого леса. А может быть, Геннадию Ивановичу и самому нравилось это женское желание не считаться с трудностями и всерьез обосновываться на новом месте.
Как бы там ни было, красивые гнутые стулья были погружены на палубу корабля. Но не суждено им было украсить суровый быт первых исследователей Приамурья: корабль погиб при переходе в Петровское и мебель досталась волнам.
Прибыв в Николаевск, Невельской вопреки запретам начал осуществлять свою программу исследований. Мичмана Чихачева с одним казаком, тунгусом Афанасием и гиляком Позвейиом Невельской отправил искать сухопутные пути с Нижнего Амура к побережью Татарского пролива. Штурман Орлов поехал исследовать бассейн Амгуни. Лейтенант Бошняк направился на Сахалин.
Полученные сведения полностью подтвердили предположение Невельского, что на побережье Татарского пролива имеются бухты гораздо удобнее, чем Охотск или Аян, для использования их в качестве главных баз тихоокеанского русского флота и что власть маньчжурского правительства на эти места никогда не распространялась.
Участники Амурской экспедиции голодали, хоронили умерших от цинги товарищей. Впоследствии Невельской писал о том времени: «В 1852 году мы были как бы всеми забыты и отданы в жертву случайностям и голодной смерти». Но великое дело исследования Дальнего Востока продолжалось. Время от времени из Петербурга приходили строгие предупреждения. Но пока они шли через многотысячеверстные просторы Сибири, Невельской успевал провести очередные исследования. «Долгом своим считаю предварить Вас, — писал он Муравьеву, — что, сознавая тяжкую лежащую на мне нравственную ответственность за всякое с моей стороны упущение к отстранению могущей произойти потери для России этого края, я во всяком случае решился действовать сообразно обстоятельствам..»