— 2-е отделение — обслуживание Западного, Брянского, Юго-Западного, Южного, Северо-Кавказского фронтов;
— 3-е отделение — по борьбе с дезертирством, изменой и самострелами; организация заградительной службы;
— 5-й отдел (интендантское управление, УСГ, АХО НКО; Главное санитарное управление, ветеринарное управление, Главное управление военных сообщений, КЭУ, Главвоенстрой, военные академии):
— 1-е отделение — Главное интендантское управление, административно-хозяйственный отдел (АХО) НКО, интендантские управления фронтов, интендантские отделы армий;
— 2-е отделение — Главное санитарное управление, санитарные управления фронтов, ветеринарные управления и ветеринарные службы фронтов и округов, Главное автодорожное управление, Главное управление военных сообщений (БОСО), квартирно-эксплуатационное управление (КЭУ), Военпроект, Главвоенстрой, военные академии;
— 6-й отдел (войска НКВД):
— 1-е отделение — пограничные войска и учебные заведения внутренних войск НКВД;
— 2-е отделение — внутренние войска и охрана войсковых тылов фронтов;
— 3-е отделение — железнодорожные, конвойные и промышленные войска;
— 4-е отделение — органы снабжения войск;
— 7-й отдел (оперативный учет):
— 1-е отделение — действующий учет по УОО, отчетность, цифровая отчетность фронтовых особых отделов, цифровой учет изменников Родины, шпионов, диверсантов, террористов, трусов, паникеров, дезертиров, самострельщиков и антисоветского элемента; особый картотечный учет изменников Родины, агентов разведки и лиц, скомпрометированных по показаниям последних);
— 2-е отделение — проверка номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной работе, мобилизационной работе и технике особой секретности; проверка работников, командируемых за границу, и личного состава Красной Армии;
— 8-й отдел (шифровальный):
— 1-е отделение — шифровальное;
— 2-е отделение — агентурно-оперативное обслуживание шифрорганов Красной Армии, инспектирование шифрорганов особых отделов, учет и пересылка шифров;
— 9-й отдел (по обслуживанию военно-морского флота):
— 1-е отделение — Главный морской штаб (ГМШ), Разведывательное управление, школа Разведывательного управления, командование управлений, редакции газет и журналов; издательство, прокуратура, трибунал, гидрографическое управление, управление делами, курсы переподготовки начсостава запаса, Центральный дом ВМФ, руководство по линии указанных объектов периферией;
— 2-е отделение — управление ВВС, штаб ВВС, управление ПВО, узел связи ВВС, руководство по линии ВВС периферией.
В дальнейшем объектами военной контрразведки стали также войска связи, инженерные войска, оборонительное строительство и Главное управление формирования и комплектования Красной Армии. Как видно из приведенного списка, в вооруженных силах СССР не осталось ни одного института, за исключением политорганов, не охваченного контрразведывательным обслуживанием НКВД (военкоматы относились к компетенции 3-го управления). Следует отметить, что в этот период реальная борьба с агентурой противника в основном проводилась в войсках, тогда как центральный аппарат УОО в основном занимался профилактической работой и контролем за благонадежностью войск, штабов и военных учреждений.