Приняв «под высокую руку» казаков и контролируемые ими территории, Московское царство фактически аннексировало часть земель Речи Посполитой; в этой ситуации истек срок перемирия со Швецией (1635). Королю и сейму было не до территориальных споров на Балтике, зато в Швеции, вышедшей из Тридцатилетней войны ведущей европейской державой (самопровозглашенной империей — stormaktstiden), накопились претензии к Польско-Литовскому содружеству. Впрочем, многие члены государственного совета Швеции были готовы оказать поддержку бывшему противнику при условии территориальных уступок в Прибалтике и отказа короля Яна Казимира, младшего сына Сигизмунда III, от претензий на шведский трон (который занимал теперь его троюродный брат Карл IX).
Проблемное наследие, оставленное политикой Контрреформации Сигизмунда III в отношении Швеции, не исчерпывалось соперничеством за шведскую корону. В то время как казацкое «рыцарство» стремилось создать на части территории Речи Посполитой отдельное государство для православного «руського народа», протестанты решили последовать их примеру. Победитель Хмельницкого великий гетман литовский Януш Раздзивилл (1612−1655), крупнейший магнат ВКЛ, являлся главным покровителем протестантизма в стране. Он оказывал финансовую поддержку протестантским приходам и оплачивал обучение юношества в протестантских университетах Северной Европы. Кроме того, Радзивилл мечтал восстановить независимость ВКЛ, под своей властью, на новых принципах постреформационной эпохи: как государство одного народа — одной религии. В 1654 г. он с группой сторонников начал переговоры со шведским королем о выходе ВКЛ из Польско-Литовского содружества и заключении федеративных отношений с протестантским шведским королевством. По сути, все земли, входившие в состав ВКЛ до Люблинской унии, искали способ отложиться от Польского королевства. Объявив вне закона социальные группы, конфессии и культуры, не соответствующие идеалу полонизированного католического шляхетского общества, проект Контрреформации разрушил Речь Посполитую как гибридное политическое образование, основанное на толерантности и балансе интересов.
В декабре 1654 г. Швеция предложила помощь польскому королю Яну Казимиру в войне против Московского царства при условии уступок территорий на южном берегу Балтики. Ян Казимир на уступки не пошел и в ответ сам потребовал компенсации за отказ от претензий на шведский трон. Тогда, заручившись поддержкой протестантского вассала Речи Посполитой — герцогства Пруссии и клана Радзивиллов в ВКЛ, в июле 1655 г. шведская армия вторглась на территорию Речи Посполитой. Начался «потоп» — стремительная оккупация огромных территорий страны, включая Варшаву и Краков. В августе Радзивиллом был подписан договор о принятии Литвы под защиту Шведского королевства, осенью — «уния», создающая шведско-литовскую федерацию. И хотя эти соглашения остались лишь на бумаге и колоссальным напряжением сил, оставшимся верным королю Яну Казимиру войскам удалось изгнать захватчиков (1656), Речи Посполитой был нанесен непоправимый удар.