Точно так же, возглавив церковные преобразования, патриарх Никон не рассматривал их в изоляции от других сфер общественной жизни. Напротив, создание «регулярной церкви» многократно повышало статус Никона в царстве, по крайней мере, он вел себя так, как будто получил некое символическое преимущество над царем. Выходец из мордовских крестьян, Никон включил в титул патриарха формулу «великий государь», которая была прерогативой самого царя. Прежде так величал себя только патриарх Филарет — отец и соправитель юного царя Михаила Романова, некогда сам претендовавший на трон. Можно сказать, что Никон действовал в политической логике самозванцев-«самоназначенцев», только он не присваивал себе чужую (царскую) биографию, а приписывал патриарху «отрегулированной» церкви новые полномочия. Никон активно сопротивлялся попыткам царского правительства взять под контроль богатые владения монастырей, которые по только что принятому своду законов (Соборному уложению 1649 г.) стали контролироваться особым «министерством» — монастырским приказом. Патриарх настаивал, что церковь должна быть не просто самостоятельной силой в обществе, но ее решения в области церковной жизни должны быть обязательными для правительства. В 1658 г. Никон пошел ва-банк и поставил царя Алексея перед выбором: признать суверенитет патриарха или вступить с ним в открытую борьбу. Он оставил патриаршую кафедру и удалился в монастырь, где провел несколько лет. Царь не поддался давлению и при поддержке украинского духовенства и «восточных патриархов» (Александрийского и Антиохийского) добился в 1666 г. низложения Никона не ставя под сомнение, впрочем, саму деятельность Никона по созданию «регулярной церкви». Вместо того чтобы признать лидерство церкви в трансформации всего общества в соответствии с новыми идеалами централизации и стандартизации, царь Алексей Михайлович предпочел работать над созданием основы регулярного общества и государства самостоятельно, в известной мере используя опыт никоновской реформы и опираясь на церковь как готовый элемент будущего социального порядка.
Не является случайным совпадением то, что драматические события никоновской реформы и вызванного ею раскола разворачивались одновременно с гражданской войной в Речи Посполитой и переориентацией православного казаческого рыцарства на Москву. Сама эта политическая переориентация была в значительной степени вызвана и подготовлена киевским православным духовенством, отчаявшимся добиться восстановления прежнего полноправного статуса в Речи Посполитой и увидевшего реальную перспективу создания подлинно великого «православного царства» под эгидой Москвы. Это был ответ на политику Контрреформации, превратившую Речь Посполитую фактически в польско-католическое королевство, отторгавшее от себя прежде лояльных руських православных подданных. Московское царство было преимущественно страной «русских людей» (таково написание в тексте Соборного уложения 1649 г.), а не руських, но в условиях крайней пестроты местных народных традиций и говоров и практически идентичной высокой книжной культуры в Киеве и Москве, новая русская или российская общность оказывалась даже более монолитной, чем польская. Специально для этого амбициозного проекта украинские клирики и церковные публицисты разработали концепцию Малороссии и Великороссии как двух частей единого «славянского» народа — подобно тому как польско-литовская шляхта являлась потомком другого древнего «племени» — сарматов.