По ее указу в 1788 г. было создано в Уфе Оренбургское магометанское духовное собрание (ОМДС), которое занималось проверкой квалификации кандидатов на все должности в мусульманском приходе, контролировало ведение метрических книг (регистрацию рождений и смертей), издавало фетвы (авторитетные богословские разъяснения), служило высшим авторитетом в области брачного и семейного права мусульман. Создание высшего органа мусульманского духовенства было совершенно неординарным решением: в исламе нет «церкви» и формальной иерархии, это сеть самоуправляемых приходов, избирающих себе священнослужителей. Впрочем, то, что ОМДС не имело разветвленной структуры и органов промежуточного звена (на уровне губерний) говорит о том, что Екатерина ориентировалась не столько на образец христианской церковной организации, сколько на модель османской системы миллетов — самоуправляющихся конфессиональных общин, единственной действующей системы организации многоконфессионального общества в XVIII веке. Сама «архитектура» ОМДС выдавала его функцию не только координатора исламской общины России, но и инструмента ее интеграции в имперское государство. Во главе ОМДС стоял муфтий, кандидатура которого предлагалась мусульманами на утверждение императора. Должности трех членов Собрания (казыев) являлись выборными. Причем, если муфтии всегда были выходцами из сословия башкир и представляли мусульман Урала, то казыи выбирались улемой (духовными авторитетами) мусульман Поволжья, на практике — казанской татарской элитой. ОМДС подчинялся правительству (с начала XIX века — министру внутренних дел), и с точки зрения государственного управления дело выглядело так, что имперская власть контролировала всех мусульман страны. Но с точки зрения мусульманских приходов ОМДС являлся выразителем воли мусульман, избиравших членов Собрания и номинировавших его руководителя. Обе основные территориальные группы мусульман — приуральская и поволжская — получали представительство в Собрании. (В 1794 г. было создано отдельное Духовное управление в Симферополе для мусульманских общин новоприсоединенных Крыма и Литвы). Таким образом, выполняя роль своеобразного «адаптера» между государственной властью и обществом, Мусульманское Духовное Собрание позволило внутренне упорядочить и юридически включить в государственную систему и имперское общество разрозненный мир мусульманских приходов, сохраняя при этом их автономию и принцип выборности духовенства.
Интересно, что для иудеев ничего аналогичного ОМДС не было создано. Вероятно, это было связано с внезапностью появления необходимости интегрировать новую этноконфессиональную группу (после включения населенной евреями территории Беларуси в состав Российской империи в 1772 г.), когда ничего подобного путешествию в Казань для личного ознакомления с местной спецификой Екатерина II не успела предпринять. Возможно также, что она просто не воспринимала иудеев как радикально «иных» — в отличие от мусульман, и не считала необходимым создавать для них особый режим интеграции. Все сохранившиеся свидетельства говорят о нейтрально-доброжелательном отношении Екатерины к евреям (что резко контрастирует с агрессивным антисемитизмом ее кумира Вольтера). Едва взойдя на престол, она сменила сам язык обсуждения иудаизма — в самом буквальном смысле, потребовав использовать слово «евреи» вместо традиционного и обремененного антииудейскими и антисемитскими коннотациями слова «жиды». В 1772 г. всему населению новоприсоединенных земель оставили тот статус, которым они пользовались в Речи Посполитой, что в случае евреев предполагало сочетание правовой дискриминации и частных привилегий. Спустя десять лет на них распространили — как и на всех остальных — упомянутые выше законы 1785 года. Евреи получили те же права и обязанности, что и прочие городские жители, приписанные к мещанскому или купеческому сословиям. Как выразилась по этому поводу Екатерина, «всяк по званию и состоянию своему долженствует пользоваться выгодами и правами без различия закона и народа» — то есть «независимо от религии и национальности».