В 1934 году в Марселе хорватские сепаратисты убили сербского короля Александра. Власть в Сербии до совершеннолетия короля Петра временно исполнялась Скупштиной[17]. В 1937 году председатель Скупштины Ми́лан Стояди́нович был намерен составить Конкордáт с Ватиканом[18]. Православная Церковь противостояла этому всеми силами, отрицая унию с католиками. Самыми активными в той борьбе показали себя патриарх Варнава и владыка Николай. Конкордат не был поддержан Скупштиной. В разгар антиконкордатской борьбы при невыясненных обстоятельствах умер Сербский патриарх Варнава, по некоторым свидетельствам он был отравлен. Новым патриархом был избран Черногорский митрополит Гавриил Дóжич.
Во время Второй мировой войны фашисты оккупировали Югославию. Владыка Николай был сначала заточён в монастыре Жиче, потом в Любостыне. Владыка тяжело переживал страдания своего народа. Некоторое время спустя фашисты переправили его в монастырь Вóйловица близ Белграда, куда доставили и Сербского патриарха Гавриила. В 1944 году из Войловиц владыку Николая и патриарха Гавриила отправили в концлагерь Дахау. А в начале мая 1945 года американские войска оккупировали Западную Австрию, и патриарх с владыкой оказались таким образом «на свободе». Но их злоключения на этом не закончились. Условия размещения и питание, которые им предоставили американцы, были ненамного лучше лагерных. Узнав о бедственном положении патриарха Гавриила и епископа Николая, сербские офицеры, находившиеся в особом (временном) лагере близ Зальцбурга, поспешили оказать им необходимую помощь. Владыка Николай отслужил для них Святую литургию и в присутствии Короля Югославии и тысяч сербских офицеров произнёс проповедь, названную «Верой в невероятное», пробудив веру в сердцах освобождённых военнопленных.
Крах Третьего Рейха привёл в Югославии к власти коммунистов. Тем временем англичане выдали на расправу коммунистам-титовцам всех сербских воинов-четников[19] и гражданских лиц, находившихся в Каринтии[20]. Владыка Николай долго не мог поверить в случившееся. А патриарх Гавриил, узнав о предательстве англичан и о массовом уничтожении коммунистами четников, принял решение не возвращаться в Югославию и посоветовал владыке последовать его примеру.
По приглашению короля Югославии Петра II, ещё в 1941 году эмигрировавшего в Англию, иерархи СПЦ отправились в Лондон, чтобы крестить там югославского Престолонаследника Александра. По пути в Лондон святитель Николай в ходе духовной беседы в Брюсселе подверг жёсткой критике Британию и лично Черчилля за предательство. После крещения югославского Престолонаследника в Лондоне английские власти отказали иерархам СПЦ в долгосрочной визе, дав тем самым понять, что они являются персонами нон грата. Так владыка Николай был вынужден искать себе пристанища в США.
В сентябре 1951 года владыку Николая пригласили преподавать в русской семинарии при монастыре Святителя Тихона Задонского в Пенсильвании, где он излагал Догматическое и Пастырское богословие. С осени 1955 года, после смерти ректора, епископа Ионы, преосвященный Николай единогласно был избран ректором семинарии, на этой должности его и застала смерть в 1956 году.
Вблизи монастыря, в живописной окрестности над обрывом и малой рекой, впадающей в лесное озеро и потом бегущей к едва заметным в долине горам, находился белый двухэтажный дом, в котором владыка Николай провёл свои последние годы. Иногда к владыке приезжали за мудрым советом сербы из Нью-Йорка и других мест. В сиротском приюте, находящемся в километре от монастыря, они справляли сербские славы[21] с участием преосвященного Николая. Сиротским приютом при монастыре управлял русский эмигрант о. Сергий Семенин, его семья состояла из матушки и двух дочерей, Марии и Киры. Они приехали из Югославии, и владыка Николай относился к ним с особым вниманием и любовью. Старец, бывало, по два-три раза в день приходил к ним на 15–20 минут выпить чашечку кофе. Владыка любил ходить пешком и размышлять на ходу, по сельской привычке он в день с лёгкостью преодолевал по 5–6 км. Все члены этой семьи оказывали особое почтение и гостеприимство владыке: готовили ему специальные сербские блюда, исполняли всевозможные поручения, собирали посылки на его родину и главное — радушно принимали всех посетителей владыки: давали помещения для общей трапезы и помогали в подготовке Славы. А при малейшем заболевании владыки Николая вся семья отца Семенина заботилась о нём.