Трагическая судьба церковных иерархов, пострадавших за веру, тяготила память их преемников. В ознаменование покаяния перед жертвами и воздания памяти их подвижническому подвигу были предприняты масштабные акции, которым был придан государственный характер. Помпезные церковные шествия одно за другим направлялись туда, где покоился прах отверженных, репрессированных прежней властью церковных иерархов. Сначала в кремлевский Успенский собор из соседнего Чудова монастыря был перенесен прах патриарха Гермогена, затем — прах патриарха Иова из Старицкого погоста. Оба они — жертвы Смутного времени, люди, чья непреклонная воля, вопреки давлению завладевших Москвой поляков, не была сломлена, они не примирились. Иов обличал разрушителей веры и государственного порядка, пытался пресечь действия Лжедмитрия. Патриарх Гермоген так и не благословил польского ставленника Владислава на русский трон, тем самым став символом национального сопротивления, вдохновителем и знаменем народного ополчения во главе с Мининым и Пожарским. Однако особый смысл Никон придавал церемонии переноса останков митрополита Филиппа с Соловков. Непримиримая позиция Филиппа в разгар опричных гонений, вызов, брошенный им Ивану Грозному, стали причиной гибели святителя. Как свидетельствует церковная летопись, он был лишен жизни опричником Малютой Скуратовым — задушен подушкой в собственной келье.
В 1652 году на Соловки направился сам Никон в сопровождении многочисленной свиты, в том числе светских сановников во главе с князем Иваном Хованским. Присутствие высокородных выходцев из княжеских родов призвано было подчеркнуть ответственность за преступные деяния их предков, тогда бывших во власти. Смысл этого похода состоял в том, чтобы, поклоняясь месту упокоения страстотерпца, торжественно произнести над его могилой покаянное слово от имени государевой власти за прегрешения перед церковью. Необходимость этого Никон обосновал извлеченным из христианской истории примером. По преданию, византийский император Феодосий перед тем, как перенести в Константинополь останки умершего в ссылке патриарха Иоанна Златоуста, составил грамоту с покаянием за грехи власти в отношении святителя и его матери. Эту грамоту зачитали перед прахом святителя в далекой абхазской Комане, где он был похоронен.
Никону не составило труда убедить свято верившего ему Алексея Михайловича пойти на подобный шаг. Понимание последствий этого духовного жеста пришло к царю лишь потом. В прочитанном в Соловках над прахом митрополита Филиппа царском послании говорилось: