Составитель Палеи прежде всего противопоставляет иудейскому монотеизму монотеизм христианской Троицы. Согласно с этими исходными концептуально-доктринальными установками, в произведении развивается христологическая тема (например, Стлб. 97, 99, 152, 283, 346–347, 374) и формулируются постулаты в защиту непорочного зачатия Девы Марии. В тринитарном ключе решается толкование Великого Совета (Стлб. 103–107), которое исключает практиковавшуюся в иудаистской литературе трактовку события как Совета Бога с ангелами. Рассказ о гостеприимстве Авраама также протолкован в триипостасном смысле (Стлб. 264–269, 271). Явления трёх ангелов в Палее представлено как явления Бога в трёх Лицах, что служило опровержению ветхозаветного монотеизма.
В контексте полемического произведения выстраивается целая система аллегорических сравнений, когда ветхозаветные события подаются как прообраз событий новозаветных: Исаак и Иаков символизируют соответственно Ветхий и Новый Заветы, а утраченное Исавом первородство поставлено в связь с отвержением иудеев от Христа (Стлб. 291–294); страдания Иосифа символически прообразуют будущие страдания Христа (Стлб. 337–342) и т. д. Подобного рода прообазовательная трактовка не является оригинальной. В целях полемики Составитель пользуется уже наработанными приёмами и тем самым демонстрирует свою причастность традиции многовековой христианской экзегезы. При этом он постоянно заостряет внимание на библейских свидетельствах о вероломстве, коварстве, пороках и вероотступничестве древних евреев, не упуская ни малейшего повода, чтобы не указать на низкие нравственные качества иудеев. Например, Книга Судей даёт многочисленные примеры отпадения израильтян от Бога. С учётом этого Составитель даже не считает нужным вводить специальные поучения. Он просто цитирует подборки библейского текста, которые сами по себе выполняют роль обличений. Оценивая отношения иудеев к христианству, Составитель Палеи сравнивает их с кукушкой (Стлб. 83), ибо евреи, по подобию кукушки, отвергли то, что является их порождением. Одновременно звучит мотив промыслительного оправдания иудейского народа, в одном из колен которого предуготовано было явиться в мир Спасителю.
Составитель Толковой Палеи не приемлет язычества (Стлб. 247)[1285]
, как и любого другого неправоверия, но, вопреки общей критической установке, заметно вполне снисходительное отношение к языческим заблуждениям. В оценке язычников не чувствуется такого переживания конфликтности, каким отмечено противостояние христианства и иудаизма. Терпимое отношение к язычникам обусловлено ожиданием обращения их в христианство, ибо распространение христианства в новых народах провиденциально неизбежно (Стлб. 377–378, 477). Если на иудеев Составитель Палеи смотрит как на вероотступников, то к язычникам подходит с точки зрения перспективы возможного их приобщения к христианству. Ярким примером такого противостояния являются апокрифо-символические образы Иакова и Лествицы, где нисходящие ангелы трактуются как отпадшие от истинной веры иудеи, а восходящие ангелы с приходящими к Христу языческими народами (Стлб. 307).Непримиримо настроен Составитель в отношении магометан (Стлб. 84–85, 108), которые сравниваются им с нечистой муреной и обвиняются в содомских грехах. Поводом для антимагометанской полемики служит рассказ о проклятии, наложенном на потомков Хама, который посмеялся над наготой отца своего Ноя (Стлб. 226). В Палее проводится мысль о том, что хамитам предназначено быть в рабстве у других народов, соответственно и основатель веры Магомет назван иудейским рабом. В общем и целом антимагометанский полемический компонент непропорционален господствующей в произведении антииудейской тенденциозности. Видимо проблема отношений с представителями этой веры не стояла так остро, как иудейский вопрос.