Обстановка борьбы с поднимающимися ересями катаров (на юге Франции) и вальденцев (в Лионе), а также с еврейской и мусульманской религиями, тоже находившими отклик на юге Франции, наложила отпечаток на весь облик философии Алана. Схоластике в его лице пришлось вести борьбу с противниками, которые отрицали доводы от откровения и уступали только доводам разума; поэтому Алан попытался строить богословие как рациональную науку. В трактате «О католической вере» встречается знаменитая фраза: «у авторитета нос из воску, и его можно повернуть в любом смысле, а поэтому следует подкрепить его разумными доводами»; а трактат «Правила богословии» построен как цепь аксиом, апеллирующих не к авторитетам, а к непосредственной душевной очевидности, — это «богословие на геометрический лад», как у Спинозы впоследствии была «философия на геометрический лад»: «1) Единица есть нечто единое; 2) В наднебесной области существует единство, в небесной двойственность, в поднебесной множественность; 3) Единица порождает единицу и отражает в себе свое горение; 4) В Отце — единство, в Сыне — равенство, в Святом Духе — связь единства и равенства» и т. д., свыше 120 аксиом, каждая с комментарием; среди них и та, которую впоследствии сделал знаменитой Паскаль: «Бог есть сфера мысленная, чей центр везде, а окружность нигде». Последующая схоластика пошла по другому пути рационализации богословия, но почетное место в истории средневековой философии за Аланом осталось.
Ереси второй половины XII в. ополчались против обмирщения и развратной жизни духовенства, требовали от своих последователей аскетической чистоты, а плоть и плотское отвергали как порождение дьявола. Споря против них, Алан и его современники должны были, во-первых, сами отмежеваться от обмирщения и разврата, и во-вторых, доказать, что плоть и плотское не от дьявола, а от бога, и снисхождение к потребностям плоти не есть отступничество от бога. Это была та же традиция гуманизма XII в., которую мы прослеживали и раньше. Как строил свои доказательства Алан, видно из первых же его аксиом, начинающихся с понятия «Единицы»: это — платоническая и неоплатоническая традиция, культивировавшаяся в шартрской школе и сосредоточивавшая внимание на переходе от единичности бога к множественности мира. Бог порождает «чистые субстанции» — платоновские идеи, «образцы», «чеканы», которыми чеканятся «нечистые субстанции», идеи, облекшиеся в материю. Вся эта иерархия переходных ступеней между единичностью творца и множественностью творения воплощается для Алана в образе Природы — некоего подобия платоновского демиурга. Именно Природа является героиней обеих его поэм; именно тезис «блюсти законы Природы — значит блюсти божьи законы» является основной их идеей; а обличение развратников, нарушающих и извращающих законы природы своим развратом, — их эмоциональным пафосом.
«Плач Природы» написан чередованием стихов и прозы в подражание «Утешению философией» Боэтия. Как и Боэтию, Алану является в сновидении царственная жена (описание ее внешности и одежды составляет почти четверть сочинения), называет себя Природой и отвечает на его почтительные вопросы (этот отрывок переведен ниже). Из вопросов выясняется, что Природа — «наместница» бога в деле творения, а Венера — «заместительница» Природы на земле; муж Венеры — Гименей (Брак), от которого она родила Купидона, «законную любовь»; а любовник Венеры — Антигам (Противобрак), от которого она родила Посмех (Jocus), извращенную любовь, мужеложество. Такая любовь есть преступление против Природы, как и другие смертные грехи (следует яркое описание пьянства, чревоугодия, гордыни и других пороков). Для борьбы с этой заразой и низошла Природа на землю. Вслед за Природой Алану являются и подробно описываются ее спутники — Гименей, Чистота, Умеренность, Щедрость и Смирение; посылают за Гением, священнослужителем Природы, Гений прибывает в сопровождении Истины, своей дочери, и оглашает интердикт — отлучение от Природы и божественной Любви всех, кто погряз в смертных пороках. По оглашении этого по всей форме составленного декрета все Добродетели гасят свои лампады, и Алан пробуждается.