При острой нехватке квалифицированных кадров Пётр нашёл Паткулю применение в самых неожиданных сферах. По мнению австрийского дипломата Плейера, находившегося в тот момент в Москве, скоро не осталось ни одной области, в которой Пётр или Головин не пользовались бы услугами и советами Паткуля. Его привлекали и к составлению справок о системе административного управления в Саксонии и Пруссии, и к организации садово-паркового дела, и к интендантству, и к учреждению типографий или портняжного дела. Судя по тому, что царь не только сохранял, но и всё более расточал свою благосклонность на Паткуля, можно заключить, что тот успешно справлялся со всеми его поручениями. Во время пребывания Паткуля в Москве имело место одно событие, почти не имеющее аналогов в отечественной российской истории: в знак особого расположения к нему 27 апреля на Кремлёвской площади палач сжёг на костре все документы и акты, в которых он обвинялся Стокгольмом. Один этот факт уже говорит о многом.
Во время пребывания в Москве Паткуль не упускал случая напомнить царю об обещании обращаться с ливонским населением с милосердием и вниманием. До него доходили слухи, что прежние договорённости царя с королём Августом на этот счёт постоянно нарушаются. Карл ХII, оставив в Лифляндии часть своих войск, с ударной армией обрушился сначала на Курляндию, а потом на Литву и Польшу. Курляндию король решил присоединить к Швеции, для чего стал вводить на её территории шведские законы и порядки. Курфюрст Фердинанд, невольный союзник Августа, получивший опереточный титул саксонского генералиссимуса, спасся бегством в Берлин. Воспользовавшись тем, что Карл ХII ушёл из Ливонии, Пётр приказал Б.П.Шереметеву начать там военные действия и не давать покоя шведам. Шереметеву противостояли 25 тысяч регулярных войск и 8 тысяч т.н. милиции – достаточно крупные силы, если исходить из наличных сил и средств тогдашней Швеции (у Шереметева было всего лишь 10 тысяч). Но странным образом все шведские части были разрознены, разбросаны по гарнизонам и не были объединены общим командованием, включая отряд Шлиппенбаха в восточной части Ливонии, Хастфера[44]
– под Нарвой и Крунхъюрта – в Ингерманландии. Это был явный просчёт самоуверенного «любовника бранной славы» короля Карла ХII. Русское войско могло теперь «щипать» шведов по одиночке, что и успешно стал делать граф Шереметев. Потерпев поражения от Шлиппенбаха под м. Рауге, Шереметев отступил к Пскову, собрался с силами и в рождественские праздники 1701 года разбил Шлиппенбаха под Эрестфером, взяв 350 пленных[45].Вторгшиеся в сентябре 1701 года на территорию провинции русские войска, в первую очередь казаки и татары, обращались с гражданским населением жестоко и без разбора. Отмечались случаи увода в плен женщин, детей и не воюющих мужчин. Жёны лифляндских, финских и шведских дворян стали продаваться внутри России по 4—5 рублей как прислуга для русских помещиков[46]
. Занятые населённые пункты подвергались сожжению, ограблению и полному уничтожению. Паткуль указывал царю, что такое отношение к коренным жителям страны не в интересах русских. Но пока у царя не было планов о присоединении Лифляндии к России, нужно было лишить шведов базы снабжения в провинции, и изменить положение к лучшему не представлялось возможным. Война в те времена велась (впрочем, и в наши времена по-прежнему ведётся) без всякой оглядки на гражданское население, и все армии вели себя на чужих территориях одинаково.До сведения Паткуля дошла информация о том, что одна из представительниц семейства фон Фитингхофов уведена русскими в плен и продана в служанки какому-то дворянину. Он немедленно обратился к царю с просьбой помочь разыскать свою родственницу. Молодую девушку нашли на Украине. Освободили её и отпустили домой лишь к маю следующего года, когда Паткуля уже не было в России.
В конце мая 1702 года Паткуль стал готовиться к выезду в Польшу и Германию в качестве генерального комиссара Петра с самыми широкими полномочиями вербовать и посылать в Россию офицеров и генералов, способных завершить начатые в армии преобразования. Прежде чем уехать из России, Паткуль успел закончить работу над новым пропагандистским памфлетом