Так как все эти события произошли совсем скоро после переворота в Афинах, на Самосе еще не знали, что в столице воцарилась олигархия. Поэтому, когда «Парал» прибыл в Афины с радостной вестью о победе на острове демократов, его команду немедленно взяли под стражу. Херей, особо ревностный демократ, в одиночку смог скрыться и в спешке возвратился на Самос. Его рассказ о ситуации в Афинах рисовал ее в еще более мрачных тонах, чем то было на самом деле: он сообщал, что людей там наказывают бичеванием, что не допускается никакая критика власти, что женщины и дети подвергаются возмутительному надругательству и что олигархи хотят бросить в тюрьмы, а быть может, и убить родственников самосских воинов, не сочувствующих их делу. По словам Фукидида, «прибавил Херей много и других небылиц». Речь Херея настолько распалила афинских воинов, что те двинулись «на главных виновников установления олигархии и на их пособников», намереваясь забить их камнями до смерти, «но потом упокоились, будучи сдержаны людьми "средними"» (VIII.75.1). «Главными виновниками», вероятно, были люди, близкие к Писандру и Фриниху, а в число «пособников» входили умеренные демократы, такие как Леонт и Диомедонт, коих в минутном порыве отстранили от должности стратегов. К «средним» наверняка относили Фрасибула и Фрасилла, ведь именно они взяли на себя главную роль в происходящем. Они также поспособствовали предотвращению насилия и предоставлению фактической амнистии тем, кто участвовал в олигархическом движении на его ранней стадии. Теперь эти люди вместе со всеми афинскими и самосскими воинами были связаны клятвой «в том, что они останутся верными демократическому правлению и пребудут в согласии, что будут энергично вести до конца войну против пелопоннесцев, что будут врагами Четырехсот и откажутся от всяких сношений с ними» (VIII.75.2). Отныне как самосцы, так и находящиеся на острове афиняне будут вместе бороться против Четырехсот в Афинах и врагов на Пелопоннесе.
Афинские воины на Самосе избрали, помимо прочих, Фрасибула и Фрасилла на замену низложенным стратегам, что было равносильно декларации о суверенитете, провозглашавшей их легитимной властью в противовес олигархическому правительству на родине. Новые лидеры ободряли воинов, заявляя, что именно они, а не афинские олигархи представляют народное большинство, а также флот, без которого невозможно сохранить контроль над заморскими владениями и обеспечить поступление державных доходов. Это Афины отложились от них, а не они от Афин. Действуя с Самоса, они могли заставить олигархов восстановить в Афинах демократию и при этом сдерживать врага. В любом случае, пока у них оставался их мощный флот, они могли чувствовать себя в безопасности.
Тем временем пелопоннесцы на своей базе в Милете, что недалеко от Самоса, столкнулись с собственными проблемами. Под влиянием разгневанных сиракузян многие воины открыто высказывались против своих вождей. Они сетовали на бездействие и возможности, упущенные за то время, пока афиняне были заняты междоусобицей. Они упрекали наварха Астиоха в том, что он уклоняется от битвы и чрезмерно доверяет Тиссаферну. Они были злы и на самого сатрапа за то, что он обещал им финикийский флот и тот так и не появился, а также за недостаточную и нерегулярную выплату жалованья. Они ставили ему в вину, что своим промедлением он намеренно истощает их силы. Уступив этим нападкам, Астиох был вынужден созвать военный совет, на котором было решено дать противнику крупное сражение. Зная о нападении демократов на олигархов на Самосе, пелопоннесцы надеялись застать афинян врасплох в самый разгар их гражданской войны.
Поэтому в середине июня они со всем своим флотом из 112 кораблей двинулись к Самосу. У афинян на Самосе было всего 82 судна, но они вовремя получили сведения о подходе неприятеля и успели послать Стромбихиду в Геллеспонте приказ срочно плыть назад и быть готовым к битве. При появлении пелопоннесцев афинский флот укрылся на Самосе, ожидая возвращения Стромбихида. Пелопоннесцы расположились лагерем в Микале, что на материке напротив Самоса, и готовились выйти в море на следующий день. Однако, узнав о прибытии Стромбихида и о том, что вместе с его эскадрой общие силы афинян теперь насчитывают 108 кораблей, Астиох отступил в Милет. Афиняне бросились его преследовать, надеясь вынудить противника к решающему бою, но Астиох отказался покинуть гавань. Несмотря на внутренние распри, афиняне восстановили баланс сил, имевший место прошлой зимой: афинский флот, хоть и несколько уступавший врагу в численности, вновь господствовал на море.
ФАРНАБАЗ И ГЕЛЛЕСПОНТ