Именно Толстому принадлежит главная роль во всей разведывательной операции по выманиванию в Россию беглого царевича, о чем речь подробнее у нас пойдет позднее. Все следствие он просидел во главе созданной по этому делу следственной комиссии. Когда Петр выходил из застенка, Толстой руководил допросами царевича Алексея с пристрастием. По официальной исторической версии, опальный Алексей скончался в результате этих жестоких допросов в своей камере Петропавловки, не дождавшись собственно казни. По другим версиям, император в последний момент решил все же не организовывать показательной казни наследника, и именно Толстому он приказал «помочь» тому умереть в стиле тайных ликвидаций неугодных соперников в странах Востока.
Толстой, за годы своей посольско-разведывательной работы в Османской империи, о таких методах знал не понаслышке. Многие исследователи уверены, что именно Толстой и его ближайшие соратники по будущей Тайной канцелярии Ушаков с Бутурлиным пришли ночью в камеру Трубецкого раската Петропавловки, после чего царевич Алексей и «скончался вследствие апоплексического удара». То ли его задушили подушкой, то ли шнурком, то ли дали выпить яд по опыту древних греков. То ли смертельный удар штыком царевичу нанес пришедший с Толстым в камеру денщик императора по фамилии Ведель (по этой легенде, немца Веделя Толстой с приятелями сознательно сделали перед историей козлом отпущения, а после убийства царевича Веделя навеки, как опасного свидетеля, упрятали в ссылку в деревню). В народе тогда был еще и такой устойчивый слух о подробностях казни царевича (с исторической правдой никак не сочетаемый): Петр приказал расстрелять сына во внутреннем дворе Петропавловской крепости, но весь взвод солдат отказался стрелять в наследника престола (выстрелили в землю, в воздух и т. д.), и тогда царь-злодей приказал застрелить царевича одному из своих приближенных. Эта эффектная версия совсем не проходит критического анализа с исторических-позиций: если уж царевича и убивали в тот день целенаправленно, то тайно и в камере, а не перед строем солдат, скорее же всего — он умер от последствий пыток или при последней пытке перед объявлением ему смертного приговора.
Большинство историков все же сходятся на версии, что царевич был задушен в камере под руководством Толстого и его сподвижников по Тайной канцелярии, поскольку ликвидировать взбунтовавшегося сына Петр решил бесповоротно, а организовать публичную и официальную казнь по политическим соображениям так и не решился. Эта версия, хотя многими и подвергаемая сомнению, имеет хоть одно письменное доказательство в виде воспоминаний участника событий той ночи Румянцева, это уже не пустые слухи о немце Веделе или отказавшемся стрелять в Алексея взводе гвардейцев. По воспоминаниям Румянцева, Алексея задушили подушками Толстой, Ушаков и Бутурлин, сам же Румянцев присутствовал при том, но в убийстве не участвовал: «На ложницу спиной повалили и, взяв от возглавья два пуховика, глаза его накрыли, пригнетая, донеже движения рук и ног утихли и сердце биться перестало, и что он тогда говорил, никто разобрать не мог, ибо от страха близкой смерти ему разума помрачение сталося. И как то свершилося, мы паки положили тело царевича, якобы спящего, и, помолився Богу о душе, тихо вышли. Мы с Ушаковым близ дома остались, да кто-либо из сторонних туда не войдет. Бутурлин же да Толстой к царю с донесением о кончине царевичевой поехали»[4]
.Подтверждения этим показаниям Румянцева для истории тоже не осталось. Картина эта, им обрисованная в одном из частных писем, доставшемся исследователям, вполне достоверна. Здесь смерть царевича Алексея уже даже отдаленно не напоминает процедуру государственной казни, а выглядит откровенным тайным убийством, негласной ликвидацией. Толстой же с подручными ведут себя не как руководители тайной полиции, а как настоящие уголовники, выставляющие «на шухер» своих сообщников, чтобы никто из посторонних не увидел злодеяния, да еще цинично не забывшие над телом убитого ими царского сына помолиться Богу о его душе.
Правды об этой ночи в мрачных стенах Петропавловской крепости мы уже не узнаем. Но главный вывод очевиден. Петр 1 уже создал в мыслях свою Тайную канцелярию, и эта ночь стала экзаменом для Петра Толстого в плане его пригодности к таким деликатным делам, как руководство пыточным следствием и тайные ликвидации, запланированные Петром I в аресенале его новой специальной службы. Если дело было именно так, то Толстой свой экзамен сдал, и уже в этом году он назначен императором главой Тайной канцелярии. До 1720 года в документах этого нового ведомства Толстого часто именуют первым министром Тайной канцелярии, затем этот громкий титул из бумаг пропадает, и долгие годы руководитель этой спецслужбы не имел никакого официального наименования.