Особенности своего сыска и законодательства Петр тоже продемонстрировал европейцам в полной мере. В Голландии его прогневили каким-то пустяком двое сопровождающих русских из собственной свиты, и Петр немедленно решил их казнить, требуя от голландских властей предоставить ему плаху на площади и топор, рубить головы ослушникам он собирался опять же лично. Оба прогневивших царя россиянина попросили в отчаянии голландцев о политическом убежище для них, Петр разъярился и вновь требовал казни. Голландцам пришлось проявить массу дипломатического такта, чтобы погасить конфликт. До плахи на площади не дошло, «изменников» сами голландцы осудили и отправили в ссылку в свои заморские провинции, несколько успокоив тем царя, по сути же они спрятали этих двух несчастных русских в своих колониях от смерти. Удовлетворенный царь поехал перенимать передовой опыт Европы дальше, а озадаченные фламандцы остались размышлять об особенностях правосудия по-русски. Они и сами были детьми суровой земли, где вовсю погуляла инквизиция и только недавно догорели ее костры. Но мог ли их король в своей заграничной поездке требовать от хозяев поставить плаху с топором на центральной площади, да еще и сам палачествовать? Вряд ли эта история работала на формирование хорошего имиджа России в тогдашней Европе. Перебравшись в Англию, Петр дал иноземцам еще один «открытый урок» российского правосудия. Узнав об обычае «морской казни» в среде британских моряков и пиратов, когда осужденного на веревке протягивают под днищем всего корабля от кормы до носа, Петр с веселостью жестокого ребенка потребовал ему это «килевание» продемонстрировать. Англичане тактично заметили, что показали бы «морскую казнь» с удовольствием, но в данный момент нет в наличии осужденного на нее. Петр в этом проблемы не увидел и объявил: он сейчас кому-то из русских сопровождающих вынесет свой приговор и предоставит его для исполнения этого приговора англичанам. Как и голландцы, совсем не сентиментальные английские моряки от такого «подарка» русского царя отказались. При всей жестокости таскания под килем подвергать этому в их понимании можно было только осужденного по закону и за очень серьезное преступление, тешить же зверское любопытство заезжего монарха они, к их чести, тоже не стали.
Кроме схожести с некоторыми современными ей зарубежными спецслужбами, Тайная канцелярия имела еще целый ряд принципиальных отличий от прошлых и черновых вариантов тайного сыска в России. В первую очередь, это ее более четкая организационная структура и иерархия в руководстве. Вместо размытого в организационном плане и больше похожего на военное ополчение образования по имени опричнина, вместо дьяков и поддьяков Тайного приказа с их безмерной ответственностью за все в Московском царстве, теперь в петровской империи появилась специальная служба в полном понимании термина «служба» с постоянными чиновниками, начальником и двумя заместителями (асессорами) во главе.
У этой спецслужбы был постоянный «офис» в Петропавловской крепости Санкт-Петербурга, оборудованный своей внутренней тюрьмой для подследственных и пыточными камерами. В создании этой отдельной тюрьмы для политических заключенных, служившей одновременно и местом предварительного содержания подследственных Тайной канцелярии, тоже использовали французский опыт знаменитой Бастилии. Здесь же находился архив расследуемых дел и горы документации по вопросам политического сыска. В архиве Тайной канцелярии Петровской эпохи оседали целиком только наиболее важные дела политического розыска, к моменту закрытия этой службы в 1726 году Толстой передал Сенату 256 хранившихся в ее архиве на тот момент дел. Свой кабинет Петр Андреевич Толстой расположил в комнате бывшего коменданта Петропавловской крепости, в соседнем кабинете заседал первый секретарь Тайной канцелярии Тимофей Палехин, на которого возлагались обязанности всего делопроизводства в этой первой российской спецслужбе. Под камеры для содержания подследственных отвели помещение бывшей гарнизонной гауптвахты Петропавловки. Поскольку изначальная идея, что Тайную организовали только для завершения кикинского розыска и дела сторонников царевича или что ее будут собирать время от времени для расследования вновь возникших заговоров, быстро была похоронена, то спецслужба Российской империи стала обосновываться в крепости всерьез и надолго. К концу 1718 года здесь уже заседала постоянно пара десятков сотрудников. В том же году специально откомандированный в Москву заместитель Толстого Ушаков основал московский филиал Тайной канцелярии на Потешном дворе, руководить московской конторой поставили Казаринова.