Первая спецслужба России. Тайная канцелярия Петра I и ее преемники. 1718–1825

Из Суздаля Скорняков-Писарев вскоре привез замешанную в переписке царевича с соратниками его мать Евдокию Лопухину, ее брата Абрама Лопухина и ее любовника майора Глебова. Суздальский розыск был объединен в один большой процесс с делом царевича и группировки Кикина, поскольку Скорняков-Писарев выявил тайные связи опальной царицы с сыном и его товарищами через ростовского священника Досифея и майора Глебова. Был даже установлен тайный связник Евдокии с Москвой, богомолец Михаил Босой, под видом юродивого часто приходивший к ней в Покровский монастырь под Суздалем и носивший записки Алексея. Во время «суздальского розыска» Скорняков-Писарев также не церемонился с арестованными в плане методов дознания. При получении показаний на любовника бывшей царицы Глебова прямо на первом допросе от пыток скончались крестьяне суздальского села Менчаково Костровин и Затыка, которые знали о нахождении у Глебова крупной суммы денег, переданной ему Евдокией для организации побега Алексея. Самого майора Глебова, бывшего чем-то вроде современного военкома в Нижнем Новгороде (он проводил здесь рекрутские наборы в армию), подвергали очень жестоким пыткам и в Суздале, и затем в Москве. Но из материалов этого дела следует, что Глебов так и не признал своего участия в масштабном заговоре бывшей царицы и царевича, он признавался только в любовном романе с постриженной в монахини бывшей женой Петра I. Хотя и одного этого хватило бы для смертного приговора Глебову, даже если Петр и не питал никаких чувств к бывшей супруге, простить такого покушения на свою «собственность» самодержец никак не мог. Майора Глебова в итоге казнят самой мучительной смертью из всех участников дела царевича: его посадят на кол и растянут его мучения на часы, утеплив умирающего толстой шубой.

15 марта по этому делу состоялась первая массовая казнь. Казнены Кикин, Докукин, Глебов и ростовский епископ До-сифей, а бывшая жена Петра Евдокия заключена в крепость. Трупы казненных, включая посаженного на кол Глебова и колесованного Кикина, не разрешали убирать с Лобного места до июня того же года, даже когда они практически полностью разложились. Репрессиям, тюремному заключению, ссылкам подверглись еще десятки человек, вся вина которых заключалась зачастую лишь в том, что они знали о связи Евдокии с Глебовым или видели бывшую царицу в мирском платье.

После этого все следствие под началом Толстого переезжает в Санкт-Петербург и перемещается в камеры Петропавловской крепости, где вскоре и обоснуется Тайная канцелярия. Сюда же заключают привезенного под конвоем Алексея. В мае 1718 года под пытками Алексей дает показания на все новых участников заговора. После них казнят дядю царевича Абрама Лопухина, его наставника детских лет Игнатьева и других выявленных сторонников партии Кикина. Весь этот розыск Толстой возглавляет лично, это теперь его главная задача. Все показания царевича Алексея по этому делу в Петропавловской крепости записаны лично рукой Петра Андреевича. Он же организовал зачем-то вывоз Алексея из крепости на мызу за Санкт-Петербург, где царевича допрашивали на даче Ягужинского, оттуда Алексея, по словам других сидевших в Петропавловке по этому делу подследственных, Толстой привез с искалеченной рукой. Зачем нужен был этот вывоз подследственного за город, что он там показывал на месте или с кем ему делали очную ставку — истории неизвестно и теперь уже не узнать никогда, но что-то там было наверняка важное.

После этого царевичу выносят 24 июня 1718 года смертный приговор, который Петр заставляет подписать всех участников этой следственной комиссии, и подпись Толстого там стоит одной из первых. 26 июня царевич Алексей умирает в своей камере, как объявлено официально, от «удара, случившегося с ним при прочтении ему приговора о смерти». На самом деле, скорее всего, он либо умер от очередной пытки, либо был задушен пришедшими к нему в камеру Толстым, Бутурлиным и Ушаковым, будущими первыми лицами Тайной канцелярии. Есть версии и о том, что Толстой отравил царевича в стиле своих стамбульских экспериментов с отравленным вином, что его убил штыком приведенный Толстым в каземат денщик царя немец Ведель, что царевичу отсекли голову, а затем пришили и в гробу закрыли шов шарфом. В любом случае, царевич был убит при участии и под личным руководством Петра Толстого. Даже если бы он действительно умер в камере до исполнения над ним приговора, все равно фактически он был убит медленными пытками.