Лейтмотив его показаний и на юге, и в Петербурге — осознание моральной ответственности за неудачное восстание. Он утверждал, что «все возмущение Черниговского полка было им одним сделано», что «раскаивается только в том, что вовлек других, особенно нижних чинов, в бедствие, но намерение свое продолжает почитать благим и чистым, в чем один Бог его судить может, и что составляет единственное его утешение в теперешнем положении». По мнению членов петербургской Следственной комиссии, подполковник «вообще более оказал искренности в собственных своих показаниях, нежели в подтверждении прочих, и, очевидно, принимал на себя все то, в чем его обвиняют другие, не желая оправдаться опровержением их показаний».
Пестелю на следствии было труднее, чем многим другим его сподвижникам. Ситуация, в которую он попал с самого начала разбирательства, оказалась критической. «Запираться» было бессмысленно: когда Пестеля доставили в Петербург, царь и те, кто исполнял его волю в Следственной комиссии, уже прекрасно понимали, что имеют дело с руководителем заговора. Следствие располагало множеством уличающих полковника показаний — в частности «откровениями» князя Трубецкого.
Но показания против Пестеля дал не только Трубецкой. Политические противники полковника — Кондратий Рылеев, Евгений Оболенский, Никита Муравьев — согласно обвиняли его в «личных видах» и «диктаторских намерениях». Не менее откровенными в том, что касалось Пестеля, оказались и многие члены Южного общества.
«Мы виноваты только в том, что слушали его (Пестеля. —
Впоследствии в декабристских и околодекабристских кругах стали циркулировать слухи о том, что к Пестелю — единственному среди всех заключенных — на следствии применялась пытка. Так, Николай Тургенев утверждал: «Из заслуживающего доверия источника я узнал еще кое-что об обращении с некоторыми обвиняемыми. Когда военному министру сообщили, что в Петербург только что доставили полковника Пестеля, то первыми его словами был приказ подвергнуть арестованного пытке. Я употребляю здесь лишь общее название сей омерзительной процедуры, не желая вдаваться в гнусные подробности». «Подробности» же сообщил в мемуарах декабрист Николай Цебриков: «Пестель говорил очень тихо. Он был после болезни, испытавши все возможные истязания и пытки времен первого христианства! Два кровавые рубца на голове были свидетелями этих пыток! Полагать должно, что железный обруч, крепко свинченный на голове, с двумя вдавленными глубокими желобами, оставил на голове его свои глубокие два кровавые рубца». В свидетели мемуарист призывал Федора Глинку, «который был на очной ставке с Пестелем перед его смертию, видел эти два кровавые рубца на голове Пестеля».
Тургенев, уехавший в 1824 году за границу и отказавшийся вернуться на суд в Россию, не назвал свой «заслуживающий доверия источник». Глинка же, действительно вызывавшийся на очную ставку с Пестелем, никаких свидетельств о «кровавых рубцах» не оставил. Кроме того, как только Пестеля доставили в Петербург, он был сразу же представлен царю — а вовсе не военному министру. Нет сведений о том, что к Пестелю применялась пытка, ни в официальных документах, ни в подавляющей части воспоминаний следователей и подследственных.
Видимо, свидетельства Тургенева и Цебрикова — отголосок крайне враждебного настроя власти по отношению к южному лидеру. Ничего, кроме ненависти, не испытывал к узнику молодой император. В мемуарах Николай I напишет впоследствии: «Пестель был злодей во всей силе слова, без малейшей тени раскаяния, с зверским выражением и самой дерзкой смелости в запирательстве; я полагаю, что редко найдется подобный изверг». Исполняя его волю, следователи и тюремщики относились к Пестелю жестко. Если другим подследственным позволяли серьезно нарушать правила одиночного заключения, разрешали ежедневную переписку и постоянные встречи с родными, то в отношении полковника режим полной изоляции соблюдался неукоснительно. Только после окончания следствия полковнику разрешили увидеться с отцом. Переписка дозволялась редко и в качестве особой «милости»: до нас дошло всего одно его письмо к родителям, написанное в крепости.