Южное общество действовало на достаточно обширной территории: чуть ли не на всей Украине и в Бессарабии, где были расквартированы части 1-й и 2-й армий. Общество было четко структурировано. Руководила всей организацией Директория в составе самого Пестеля и Алексея Юшневско-го. Заочно в Директорию был избран служивший тогда в Гвардейском генеральном штабе Никита Муравьев — «для связи» с Петербургом. Реально Никита Муравьев в руководстве южной организацией не участвовал.
Директории подчинялись три отделения, или, как их называли, управы.
Окончательно управы сложились в 1823 году. У каждой из них были свои руководители. Центр первой — Тульчинской — управы по-прежнему находился в Тульчине. Управой этой, как и Директорией, руководил Пестель. Своего рода столицей второй, Васильковской, управы стал уездный город Васильков, где располагался штаб 2-го батальона Черниговского пехотного полка. Командир батальона, подполковник Сергей Муравьев-Апостол, был председателем этой управы; вместе с ним управу возглавлял его друг, молодой подпоручик Полтавского пехотного полка Михаил Бестужев-Рюмин. Центром же третьей, Каменской, управы, во главе которой стояли отставной полковник Василий Давыдов и генерал-майор Сергей Волконский, была деревня Каменка, имение Давыдова.
Существовала в заговоре и собственная иерархия, определявшая место каждого участника в составе организации. По показаниям Пестеля и Юшневского, «внутреннее образование общества заключалось в разделении членов оного на три степени» — братьев, мужей и бояр. Разделение это во многом повторяло устройство масонских лож.
«Брат» — низшая степень. «Братом назывался всякий новопринятый». Ему «объявляться долженствовало просто намерение ввести новый конституционный порядок без дальнейших объяснений». «Мужами» считались «те, которые из прежних уклонившихся членов были вновь приняты». Иначе говоря, заговорщики, согласившиеся в 1821 году с роспуском Союза благоденствия, но потом вошедшие в Южное общество. В разряд «мужей» мог попасть и не входивший в Союз благоденствия заговорщик — в том, конечно, случае, если он «по образу своих мыслей был склонен к принятию республиканского правления за цель». Собственно, «мужи» отличались от «братьев» именно знанием «сокровенной» цели — установления республиканского правления в России.
И наконец, высшая степень — «бояре». «Боярами именовались только те, которые, не признав разрушения общества, вновь соединились». Как подчеркивал Пестель, присуждение состоявшему в обществе степени «боярина» — компетенция Директории. Предполагалось, что обо всех планах тайной организации следует оповещать только «бояр», именно с ними надлежало консультироваться Директории в самых важных случаях. Кроме того, по словам Юшневского, «бояре» имели право принимать новых членов сами собою, давая только знать о том начальнику управы. Прочие же не имели права принимать без дозволения и удостоверения стороною самой управы о качествах предлагаемого члена».
Однако Южное общество оказалось, как и первые союзы, организацией весьма неэффективной. Пестель недаром подчеркивал на следствии ее преемственность с организацией предыдущей, называя ее «Южным округом Союза благоденствия». Новое общество унаследовало от старого и организационную беспомощность. Четкий план построения Южного общества существовал только лишь в головах его составителей. Более того, с самого момента образования общество как цельная организация практически не существовало.
Задуманное Пестелем жесткое построение заговора, различные степени «посвященности» в его тайны на практике не действовали. Ни одно из «главных правил» деятельности Южного общества «не было исполняемо», признавал на следствии руководитель Директории. Две из трех управ нового союза — Тульчинская и Каменская — существовали лишь номинально.
«Я сам не могу дать себе отчета, почему и как, но я и некоторые из моих друзей — Ивашев, Вольф, Аврамов 1-й (члены Тульчинской управы Южного общества. —