Что же касается взаимоотношений с Ватиканом, то перемены наметились с 2005 года, когда умершего Иоанна Павла II заменил на папском престоле Бенедикт XVI. И к этому действительно имелись объективные предпосылки. Бенедикт был деятелем консервативным, противником огульного реформаторства католической церкви, ее подстраивания в русло «нового мирового порядка». Правда, и он начал применять новые методы, как телемост, совместные молитвы с католиками из разных стран (в телемосте участвовали и католики в России, в Санкт-Петербурге). Но он старался отстаивать традиционные моральные и культурные ценности. Отменил отлучение от церкви Братства Пия X (католиков-традиционалистов, не согласных с решениями Второго Ватиканского собора об «обновленчестве»). Начал бороться с развратом, поддержал кампании против служителей своей церкви, обвиненных в педофилии, гомосексуализме. Несколько сотен извращенцев были запрещены в служении.
Алексий II тоже пытался противостоять общей моральной деградации. 16 марта 2006 года он направил личное письмо мэру Москвы Лужкову, искренне благодарил за отказ в проведении гей-парада, выразил отвращение к выпячиванию «нетрадиционных ориентаций». 2 октября 2007 года Патриарх выступил в Парламентской ассамблее Совета Европы, назвав гомосексуализм такой же болезнью, как клептомания. Предостерег от надвигающегося кризиса цивилизации – указал на вопиющие расхождения между христианской моралью и «правами человека», которые становятся оправданием для безобразий и разврата. Это выступление вызвало шквалы возмущения и со стороны российской «либеральной общественности», и в западных СМИ [25, 88]. Патриарха выставляли косным ретроградом, гонителем «угнетенных меньшинств», врагом «прав человека», тянущим нашу страну во мрак «варварства».
Алексий II обращался и к соотечественникам, осуждал «нравственный релятивизм и попытки разрушить традиционные нравственные нормы», предупреждал, что «России грозит утрата духовной и культурной идентичности». В Московской Патриархии надеялись, что Бенедикт XVI может стать союзником в этой борьбе. Посредником опять стал Путин. В марте 2007 года он встретился с папой, передал ему на словах приветствие от Патриарха. Тот попросил передать ответное приветствие – на словах. В 2008 году в Москву пожаловал посланник Бенедикта, все тот же кардинал Вальтер Каспер, передал Алексию II послание папы, беседовал с ним о проблемах в отношениях между РПЦ и Ватиканом.
Главной опорой Патриарха оставался прочный союз с государственной властью. Благодаря этому из бюджета выделялись значительные суммы на церковные нужды, на строительство и реставрацию храмов, Путин подписал закон о государственной аккредитации духовных образовательных учреждений. В свою очередь, и Алексий II поддерживал властные структуры. Когда Путин и первый вице-премьер Дмитрий Медведев начали разыгрывать «рокировку» с временным уходом Владимира Владимировича на второе место и выдвижением Медведева на первое, Патриарх подкрепил ее своим авторитетом. Давал интервью по телевидению, одобряя переход Путина на пост главы правительства, указывал, что это обеспечит преемственность курса страны. После выборов поздравлял Медведева, отслужил молебен в Благовещенском соборе Кремля, благословляя на президентское служение.
В связке с Президентом и правительством позиции Московской Патриархии стали очень прочными. С Церковью теперь стали считаться как с очень влиятельной организацией. Одним из совместных свершений стало, например, преобразование дня памяти святых благоверных Петра и Февронии Муромских во всероссийский праздник «День семьи, любви и верности» – организаторами выступили РПЦ и Фонд социально-культурных инициатив во главе с супругой Президента Светланой Медведевой.
Однако и атаки на Церковь не прекратились. Причем с разных сторон, с противоположных направлений. 22 июля 2007 года было опубликовано открытое письмо президенту, которое подписали 10 академиков РАН: Александров, Жорес Алферов, Гинзбург, Абелев, Барков, Воробьев, Инге-Вечтомов, Кругляков, Садовский, Черепащук. Смесь ярых либералов с атеистами советской эпохи. Они возмущались «все возрастающей клерикализацией российского общества, активным проникновением Церкви во все сферы общественной жизни», негодовали из-за того, что «предпринимаются попытки подвергнуть сомнению научное Знание, вытравить из образования «материалистическое видение мира», подменить науку Верой.