И если прежде она упрекала Урбана VI, то теперь, не вникая в суть его поведения, она радеет о единстве Церкви и с огромной силой темперамента и убеждения призывает кардиналов к послушанию именно Урбану VI как законному главе Церкви:
Я поняла, что бесы во плоти избрали не Христа на земле, но породили Антихриста против Вас, Христа на земле; я исповедую и не отрицаю, что Вы — наместник Христа, Вы держите ключи от винного погреба святой Церкви, где хранится кровь непорочного Агнца; Вы — служитель Его, невзирая на тех, кто говорит обратное, и в посрамление той лжи, которую Бог рассеет Своею сладостною истиной. <...> Вперед же, святейший отец! Вступите бесстрашно в сражение (письмо 9 (306), с. 41 наст. изд.).
В 1379 году Екатерина сама приезжает в Рим со своей famiglia, чтобы лично воздействовать на кардиналов. Хотела она отправиться и в Неаполь для переговоров с Иоанной, но не получила на это благословения, — вероятно, в связи с состоянием своего здоровья. Раймондо да Капуа был отправлен к Карлу V, но так и не добрался до Парижа. Поверив слухам, что его хотят убить в пути, он остановился в Генуе. Екатерина обращается к нему с суровым письмом:
Смотрите не уклоняйтесь от тягот; наоборот, радостно принимайте их и несите со святым желанием, говоря: «Добро пожаловать» и «Какую благодать дарует мне мой Создатель, попуская переносить тяготы и страдать во славу и хвалу Его имени!» <...> Отдайте жизнь за распятого Христа, утопайте в крови распятого Христа (письмо 50 (100), с. 233— 234 наст. изд.).
Создается впечатление, что не Раймондо является ее духовником, а она руководит им. Когда он отказался от попытки продолжить путешествие, скорби и гневу Екатерины не было конца, о чем свидетельствует ее очередное письмо к Раймондо:
А если оказались неверным, то вновь примите крещение в крови. Если дьявол затуманил Вам взор разума, омойте очи в крови; если впали в неблагодарность и не признаете полученных даров, обретите благодарность в крови (письмо 51 (102), с. 237 наст. изд.).
Неустанная, поглощающая все силы борьба за единство Церкви, за проведение реформы внутри нее истощала силы Екатерины. Она постоянно ратовала за водворение Святого престола в Риме, надеясь, что Церковь возродится и вновь обретет свое былое величие. Переезд состоялся, но не принес ожидаемых результатов. Последовавший за тем раскол Церкви оказался худшим злом, и увидеть его преодоление Екатерина уже не могла надеяться. Непонимание окружающих, невозможность хоть как-то повлиять на ход событий, глубокие переживания в связи с состоянием Церкви окрасили последние годы ее жизни в трагические тона и приблизили кончину, последовавшую 29 апреля 1380 года. Сохранилось письмо Бардуччо Каниджани о ее последних днях. Слабость и временами сильные боли усугублялись глубокой скорбью, вызванной церковными нестроениями и невозможностью повлиять на эту ситуацию. Крушение собственной миссии тяжелым бременем лежало на сердце. Но Екатерина терпеливо все переносила, за все благодаря Бога. Каниджани упоминает о ее предсмертной борьбе с бесами, за которой последовало просветление. В присутствии всей famiglia сиенская подвижница вслух принесла перед распятием покаяние в грехах, у всех попросила прощения. Затем соборовалась и причастилась. Благословив окружающих, Екатерина погрузилась в непрестанную молитву и так отдала Богу душу. Ее последними словами были: «Кровь! Кровь!» — лейтмотив всей ее жизни, символ жертвенной любви. Похоронена Екатерина Сиенская в Риме в церкви Санта-Мария-сопра-Минерва. На ее могиле были засвидетельствованы чудеса. В 1384 году ее голова была отделена от тела и помещена в алтарь церкви Сан-Доменико-ди-Кампореджи в Сиене. Канонизирована Екатерина Сиенская была 29 июня 1461 года.