Командующий 6-ым японским флотом адмирал Такаги перенес свой штаб на остров Сайпан с целью обеспечения лучшего руководства подводными лодками в ходе операции "А-Гоу". Несмотря на потерю семи подводных лодок у островов Трук и у островов Адмиралтейства во второй половине мая, Такаги имел в своем распоряжении еще 21 подводную лодку. Они действовали из баз на островах Трук и Марианских островах, вели разведку Маршалловых островов, осуществляли переброску снабжения или находились в готовности в Японии, ожидая приказа на выход в море. После того как был нанесен первый удар авианосной авиацией, Такаги начал сожалеть о своем поспешном решении перенести штаб подводных сил на остров Сайпан — в центр зоны боевых действий. В результате первого удара американской авианосной авиации связь с островом Сайпан сильно затруднилась. 13 июня Тойода разослал директиву, в которой подчеркивалось, что цель американцев заключалась в занятии островов Сайпан и Тиниан. Исходя из этого, Такаги решил развернуть имевшуюся у него 21 подводную лодку на позициях для уничтожения американских авианосцев.
Восемь японских подводных лодок были развернуты восточнее и юго-восточнее Гуама. Десять подводных лодок заняли позиции восточнее и две — западнее Сайпана. Только подводной лодке "I-185", следовавшей из Японии в Вевак с грузом снабжения, было разрешено продолжить рейс. Из-за сильного шторма бочки с рисом, которые находились на палубе, смыло за борт, и подводная лодка по инициативе ее командира присоединилась к подводным лодкам, развернутым у острова Сайпан. Но не успел Такаги разослать свой приказ, как его силы начали убывать. 10 июня американский эскадренный миноносец "Тейлор", находившийся в составе поисково-ударной группы к северу от островов Адмиралтейства, обнаружил пятно нефти и установил гидроакустический контакт с подводной лодкой. Глубинные бомбы вынудили японскую подводную лодку "RO-111" всплыть. Она была уничтожена артиллерийским огнем. Через три дня эскадренный миноносец "Мелвин", находившийся в составе противолодочного охранения группы линейных кораблей, установил ночью радиолокационный контакт с неопознанной целью. Корабль открыл огонь из 127-мм орудий. Целью оказалась японская подводная лодка "RO-36", шедшая в надводном положении. "Мелвин" потопил ее. Вероятно, Такаги не знал об этих потерях, так как вскоре его связь стала действовать настолько плохо, что ему даже пришлось дать указание командиру 7-ой эскадры подводных лодок принять управление на себя и руководить боевыми действиями подводных лодок.
В это время подводные лодки юго-западной части Тихого океана, находившиеся под командованием Кристи, держали под наблюдением-японское ударное соединение адмирала Озава на островах Тавитави. Американские подводные лодки проходили через архипелаг Сулу с таким расчетом, чтобы обеспечить постоянное патрулирование у островов Тавитави трех подводных лодок. Три другие подводные лодки были развернуты юго-восточнее острова Минданао. Они :вели наблюдение за передвижением японских кораблей в районе Минданао. Имея под своим командованием 36 подводных лодок, Кристи мог успешно осуществлять боевое патрулирование.
Японские специалисты убедили военное командование, что нефть, добываемая в пункте Таракан (восточная часть острова Борнео), может быть использована кораблями без предварительной очистки. Это до некоторой степени улучшило положение с топливом, но вместе с тем создало дополнительную угрозу возникновения пожаров на кораблях. Ввиду нехватки танкеров местом базирования японского флота в период операции "А-Гоу" были избраны острова Тавитави, которые находились вблизи источника жидкого топлива в Таракане. Несмотря на непродолжительность переходов, японские танкеры испытывали значительные затруднения. 5 июля в море Сулу подводная лодка "Паффер" потопила два танкера — "Такасаки" и "Ашицури", а 8 июля подводная лодка "Рэшер" в Целебесском море потопила танкер "Шиойя".