Здесь «Месть» была переименована в «Короля Джеймса» (Royal James), но судну требовался капитальный ремонт, и Боннет пробыл в этой гавани два месяца, что его и погубило. До губернатора Роберта Джонсона в Чарлстоне дошли слухи, что в его владениях находится флотилия пиратов. Это вызвало большой ажиотаж, и дело было передано на рассмотрение совета, который составил план действий. Полковник Уильям Ретт вызвался с двумя вооруженными шлюпами отправиться на поимку пиратов. Это предложение было охотно принято, и через несколько дней «Генри» (Henry) с восемью пушками и семьюдесятью моряками под командованием Джона Мастерса, а также «Морская нимфа» (Sea Nymph) под командованием капитана Фейера Холла, имевшая на борту восемь орудий и шестьдесят человек команды, вышли из внутренней гавани острова Салливан и 14 сентября отправились на поиски пиратов. Общее командование экспедицией было поручено полковнику Ретту, который поднял свой флаг на «Генри».
Пока суда стояли в гавани, с Антигуа пришел корабль, который был ограблен у отмели Чарльзом Вейном. Ретт сразу же решил отправиться на Антигуа, поскольку Вейн, как утверждали отпущенные на свободу пленники, планировал отдохнуть в одном из южных заливов острова. Ретт вышел в море 15 сентября и обследовал побережье южнее Чарлстона, но, не обнаружив никаких следов Вейна, направился к реке Кейп-Фир. 26 сентября он вошел в нее. Отсюда были хорошо видны мачты кораблей Боннета, но один из шлюпов Ретта сел на мель, и экспедиции нужно было дождаться темноты, чтобы снять его. Это задержало Ретта до утра. Пираты послали в устье реки три каноэ, чтобы узнать, что за люди туда пришли, и, выяснив это, пришли в ужас. Боннет всю ночь занимался организацией обороны и среди других вещей написал письмо, угрожая жестоко отомстить, если ему удастся спастись. Это письмо он дал прочитать капитану Мейнвеарингу, который находился у него в плену.
Рано утром «Король Джеймс» со всей командой (матросов набрали с призовых кораблей) двинулся вниз по реке, навстречу пришедшим. Ретт попытался поставить шлюпы так, чтобы они могли пойти на абордаж одновременно с обеих сторон. Но Боннет разгадал его замысел и направил судно к берегу, яростно отстреливаясь. Но ему не повезло – он сел на мель, а за ним на расстоянии пистолетного выстрела шел «Генри», который тоже сел на мель. «Морская нимфа» последовала их примеру, обогнав пирата и почти выйдя из зоны досягаемости своих орудий. Отлив на некоторое время обеспечил преимущество Боннету, который стоял выше «Генри» по течению. Так продолжалось до тех пор, пока не начался прилив и «Генри» первым не снялся с мели. После пяти часов бесплодного ожидания он наконец приступил к действию. Во время сидения на мели пираты насмехались над колонистами, ехидно спрашивая их, почему они не идут на абордаж? На эти вопросы последние отвечали криками «ура!» и обещали негодяям показать, где раки зимуют. Когда «Генри» закачался на волнах, Ретт, починив такелаж, сильно поврежденный огнем пиратских пушек, приготовился к абордажу, но, к его изумлению, Боннет поднял белый флаг и предложил начать переговоры, в результате которых пираты сдались. Усилия Ретта были достойно вознаграждены – в его руки попал сам майор Стид Боннет, иначе «капитан Томас».
Однако победа досталась дорогой ценой. На «Генри» было убито десять и ранено четырнадцать человек, на «Морской нимфе» погибли двое и двое были ранены. «Король Джеймс», ранее известный как «Месть», потерял семь человек убитыми, двое были ранены смертельно, трое – отделались легкими ранениями. 30 сентября Ретт покинул Кейп-Фир вместе с захваченным пиратским кораблем и пленниками и 3 октября 1718 года пришел в Чарлстон. Эту победу отмечали с большим ликованием. Продержав два дня на кораблях, Боннета и его команду свезли на берег. В те дни в городе еще не было тюрьмы, и пиратов разместили в сторожевом доме, а Боннета отдали в распоряжение маршала (начальника полицейского участка) и заточили в его доме. Через несколько дней штурмана «Мести» Дэвида Хэрриота и боцмана Игнатия Пелла тоже отдали в руки маршала и поселили вместе с Боннетом, собираясь отдать их под суд штата. Дом маршала охраняли двое часовых; считалось, что пленников держат связанными, однако ночью 24 октября Боннет и Хэрриот ухитрились сбежать. Боцман отказался последовать их примеру. Люди были возмущены; разразился скандал, во время которого представителей власти, включая самого губернатора, открыто обвинили в получении взятки. Однако губернатор действовал очень быстро. Он издал прокламацию, в которой обещал награду за поимку преступников в размере 700 фунтов и отправил вооруженные суда патрулировать оба выхода из гавани, к северу и к югу от города. Опасались, что пираты захватят какое-нибудь судно и снова отправятся грабить. Боннет действительно сумел ускользнуть из города, незаметно для патрулей, воспользовавшись яликом, но разгулявшееся море и отсутствие продовольствия заставили его вернуться на остров Салливана.