В 2003 году без особой шумихи появились неизбежные спин-оффы Ruby и Sapphire. На GameCube можно было играть в разработанную Creatures Pokémon Box, позволяющую управлять своей коллекцией покемонов на телевизоре, а также Pokémon Channel, симулятор жизни от Ambrella. Летом для Game Boy Advance была выпущена Pokémon Pinball Ruby & Sapphire от Jupiter. 21 ноября 2003 года GameCube приветствовала видеоигру, о которой давно мечтали фанаты: Pokémon Colosseum. Это первая ролевая игра Pokémon в 3D, к тому же выпущенная на самой мощной консоли тех времен. Возможно, что ранее было начато несколько подобных проектов, но анонсов не поступало, так что ныне это лишь непроверенные слухи. Однако в то время Game Freak не могла справиться с таким объемом работы и оставалась убежденной, что успех Pokémon во многом зависел от портативного формата и что игру нельзя адаптировать для домашней приставки без искажения ее сущности. К тому же студия была очень привязана к формату 2D.
Поэтому новая небольшая студия Genius Sonority, созданная The Pokémon Company совместно с президентом Nintendo Хироси Ямаути на собственные средства, подхватила разработку игры в конце 2001 года. В студию вошли ветераны Creatures и студии Heartbeat, недавно выпустившей Dragon Quest VII и ремейк Dragon Quest IV для PlayStation. Основал и возглавил студию Манабу Ямана, программист третьей и седьмой частей Dragon Quest. Сроки поджимали: игра была разработана за год и четыре месяца и представляла собой однопользовательский RPG-квест, вдобавок включающий режим в духе Stadium. Не имея возможности воспроизвести классическую охоту и поимку диких покемонов, студия сделала выбор в пользу рендеринга окружения и фиксированных камер в стиле модных тогда 3D-RPG, вроде Final Fantasy. Сценарий вывел в свет темных покемонов, которыми манипулировала еще одна властолюбивая команда: игрок должен был поймать и утихомирить их. Учитывая мрачную атмосферу, тусклую графику, пятнадцать доступных локаций (всего четыре города) и такое же количество часов геймплея, игра разочаровала и прессу, и поклонников, которые ожидали большего от первого трехмерного приключения. Только при разработке Game Freak Pokémon X и Y для Nintendo 3DS основная серия окончательно и единогласно перешла на 3D. За исключением незначительных спин-оффов (включая PokéPark и Pokémon Rumble), Pokémon практически не появлялась на домашних приставках – пока ей хватало портативных 3D-носителей.
FireRed и LeafGreen: ремейки наспех
Ввиду невозможности переноса покемонов с картриджей предыдущего поколения в Pokémon Ruby и Sapphire и того, что в последних версиях нельзя заполнить весь состоящий из 386 карманных монстров бестиарий, Национальный Покедекс не мог быть завершен. Во время разработки Ruby и Sapphire компания решила выпустить ремейк оригинальных игр, которые вышли всего шестью годами ранее, но нуждались в приличном обновлении. Это был отличный шанс сделать их совместимыми с новым поколением Pokémon на Game Boy Advance, чтобы фанаты могли поймать всех монстров. Технически эти версии позволяли (пусть и с трудностями и только при участии нескольких игр и консолей) перенести своих покемонов с версий для GBA в последние игры на 3DS и завершить весь Покедекс, несмотря на его чрезмерный объем. Это также давало возможность удвоить темп релизов ролевых частей Pokémon, чередуя в том же поколении неопубликованные издания и ремейки (и сиквелы, начиная с версий Black 2 и White 2). Трехлетний перерыв между поколениями пагубно сказался на серии: некоторые игроки бросали Pokémon и переключались на другие игры, выходившие практически ежегодно. В любом случае, сохраняя и улучшая для ремейков тот же движок, компания нашла хороший способ амортизировать стоимость технического развития.