Прежде всего, здесь не вполне ясно, что чему противопоставляется. Идет ли речь о генах зиготы, противопоставляемых остальным ее компонентам. Но под фенотипом (сомой) понимают не только соматическую составляющую зиготы, но в случае многоклеточных организмов весь организм. Если мы расширим понятие генотипа, включая в него гены соматических клеток, то чему противопоставляются эти гены - клетке, в которой они находятся или всему организму. Второе трудно признать. Следовательно, гены в качестве функциональных единиц мы можем противопоставить в строгом смысле лишь клетке, в которой они находятся. Но организм - это не совокупность клеток. Это их пространственное, структурно организованное единство. Могут ли гены клеток определять эту составляющую фенотипа. Могут, в частности, через производство сигнальных белков, среди которых ключевое значение имеют так называемые морфогены - молекулы, способные поступать в межклеточную среду и передавать управляющий сигнал другой клетке только при достижении ими определенной концентрации.
Итак, мы имеем модель генотипа, рассредоточенного по разным клеткам организма. Этот рассредоточенный генотип через молекулярные посредники способен влиять, возможно, на все клетки. Сразу возникает вопрос, каким образом при работе такого генотипа согласовываются управляющие команды, идущие из разных клеток. Да и работа генома отдельной клетки, учитывая, что одновременно могут находиться в процессе экспрессии сотни генов, требует координации активности последних. Известно, что снижение в результате, например, сбоя активности одних управляющих молекул может быть компенсировано повышением активности других молекул. Часто сигнал, воспринимаемый клеточным рецептором может передаваться в ядро клетки разными биохимическими путями, нередко с неодинаковой временной задержкой. Работа этих дублирующих молекулярных цепочек передачи управляющего сигнала также должна жестко координироваться, если не полностью, то частично на уровне клетки и организма в целом. На примере раковых заболеваний мы примерно представляем, что происходит, когда клетка и стоящий за ней организм теряют контроль над геномом.
Но метафора рассредоточенного по всему организму генотипа не передает всей сложности явления наследственности. Есть еще так
называемая материнская наследственность, определяющая через морфогены матери, т.е. через активность ее генотипа фенотипические особенности дочернего организма. Например, у насекомых в становлении переднезадней оси и дорсовентральной плоскости еще на стадии яйца участвуют функциональные молекулы, экспрессируемые материнским организмом.
Но и фенотип не представляет собой единства, коль скоро он мыслится без генома, т.е. как конструкция с «дырками». Более того фенотипы в качестве целостных образований представлены архетипами и морфотипами. В самой общей форме концепция архетипа была намечена еще Аристотелем, который в структуре вещей различал «внутреннюю форму» (эйдос) и «материю» (см. подробнее: Шаталкин, 2012). Внутренняя форма, рассматриваемая в современных понятиях, есть конструктивное отношение, связывающее элементы (материю) в целостный объект и делающее последний качественно отличным от других объектов. С этой натурфилософской позиции гены определяют материю организма (которая соответствует белкам) и отчасти связывающие отношения через регуляторные гены, а также процессы самоорганизации. Но в общем случае связывающие отношения определяются через независимые механизмы. Пример такого независимого определения структуры прионов был описан в понятии конформационной наследственности (Инге-Вечтомов, 2003; Инге-Вечтомов и др., 2004).
Это означает, что деление на фенотип и генотип является скорее классификационным и, следовательно, понимать в буквальном смысле, что генотип определяет фенотип представляется некорректным.
Теоретически Т.Д. Лысенко не разграничивал генотип и фенотип. Но это не означает, что он не отличал наследуемое от ненаследуемого. В своем докладе во время дискуссии 1939 г. Н.И. Вавилов, касаясь позиции Т.Д. Лысенко по вопросу деления организма на генотип и фенотип, сказал (1939, с. 132): «Как будто это положение является азбучной истиной, но вот акад. Лысенко (а вчера мы слышали то же самое от акад. Келлера) говорит нам, что различия между генотипом и фенотипом нет, различать наследственную и ненаследственную изменчивость не приходится, модификации не отличаются от генетических изменений».