Правительство королевы продолжило традиционную колониальную политику Помбала, стремясь поднять продуктивность сельского хозяйства и увеличить экспорт сахара, риса, хлопка и какао из Бразилии, в то же самое время запрещая производить там товары, например текстиль, которые могли конкурировать с промышленными товарами, экспортируемыми из Португалии, хотя не все они были португальскими. Это объяснялось тем, что монархия получала значительную часть своих доходов от пошлин на подобные товары. В 1756 г. английское министерство торговли подсчитало, что из 100 фунтов стоимости каждой партии британских товаров, поставляемых в Бразилию, 68 фунтов выплачивалось в виде налогов Португалии. Поэтому королевский указ 1785 г. запретил производство всех текстильных товаров в колонии, за исключением грубой хлопковой материи, шедшей на одежду для рабов и пошив мешков. С другой стороны, правительство поощряло производство риса, например освободив от уплаты таможенной пошлины выращенный в Бразилии рис в период с 1761 по 1804 г. По инициативе наместника короля маркиза Лаврадиу в капитании Рио-де-Жанейро успешно шло разведение индиго. К концу столетия существовало 206 производств для получения индиго на плантациях в районе Кабу-Фриу; в 1796 г. они дали 5 тысяч арроб ценного красителя. Этот явно многообещающий проект закончился ничем, так как британская Ост-Индская компания после потери американских колоний вложила большие капиталы в производство индиго в Индии. Бразильское индиго, которое было худшего качества, уступило в конкуренции индийскому и было вскоре вытеснено с мирового рынка.
Отсталость сельскохозяйственной технологии в Бразилии была основной причиной, почему наиболее важные экспортные культуры страны не могли (как правило) противостоять своим конкурентам. За исключением, пожалуй, краткого периода нейтралитета Португалии в войне британских колоний в Северной Америке за независимость и крушения сахаропроизводящих французских колоний в Вест-Индии во время революционных и Наполеоновских войн. В 1788 г. Ямайка экспортировала больше сахара, рома и тростниковой мелассы, чем все капитании Бразилии, вместе взятые. Кайу Праду указывал, что тростниковые выжимки вначале использовались в качестве топлива при производстве сахара на бразильских плантациях в 1809 г. В то время как эти выжимки уже использовали таким образом за полвека до того в Британской, Французской и Голландской Вест-Индиях. В 1792 г. Э. Уитни изобрел хлопкоочистительную машину, и ее начали широко использовать в районах производства хлопка в Соединенных Штатах. В Бразилии ее не видели и 25 лет спустя.
Это безразличие к современным технологиям объяснялось инертностью и консерватизмом бразильских плантаторов. В самой Португалии в последней четверти XVIII и в начале XIX в. росла заинтересованность образованных людей экономическими, аграрными и социальными проблемами страны. Королевская Академия наук, основанная в Лиссабоне в 1779 г., ставила для себя, среди прочего, задачу «распространения национального образования, совершенствования наук и искусств и роста народной промышленности» в Португалии и империи. Ее научные труды, опубликованные в 1790–1812 гг., обращали особое внимание на сельскохозяйственные и экономические проблемы, но большинство авторов не осознали важность для страны промышленного прогресса в Британии и Франции и были сосредоточены прежде всего на недостатках сельского хозяйства в Португалии и Бразилии. Кроме этих научных работ принц-регент (впоследствии король Жуан VI) способствовал публикации 10-томного труда бразильского монаха-францисканца Ж.М. де Консейсана Велозу «Землевладелец Бразилии»