Был ли король Жозе марионеткой в руках Помбала – вопрос спорный. Как и то, насколько активно поддерживал король диктатора и один ли Помбал занимался всеми государственными делами. Во всяком случае, вплоть до своей кончины монарх поддерживал все шаги своего министра. Перед смертью он подписал декларацию, обязывающую его дочь выпустить из тюрем всех политических заключенных и заплатить все долги, сделанные королевским двором. Королева Мария I сразу же освободила всех заключенных и начала выплачивать долги кредиторам, которые оставались непогашенными в течение многих лет. Она также приняла отставку Помбала, на которую тот согласился крайне неохотно, спустя несколько дней после того, как она взошла на трон. Враги Помбала, естественно, настаивали на предании его суду и смертной казни, но затянувшееся расследование показало, что каждый законодательный акт Помбала формально был одобрен и подписан покойным королем. Из уважения к памяти своего отца королева согласилась только на ссылку опального диктатора в его имение Помбал, куда он уже удалился после отстранения от власти, где и скончался после длительной и тяжелой болезни в мае 1782 г.
Как мы уже говорили, о диктатуре Помбала в Португалии высказываются противоречивые мнения, и еще только предстоит сделать окончательную оценку его правления. Возможно, наиболее убедительной была точка зрения каноника Антониу Рибейру-душ-Сантуша (1745–1818), которую поддерживали отдельные его современники, которые могли судить об этом.
«Этот министр старался проводить невозможную политику. Он хотел сделать нацию цивилизованной и в то же самое время превратить ее в нацию рабов; он хотел распространить повсюду свет философского знания и, наряду с этим, возвысить королевскую власть до деспотизма. Он способствовал более глубокому изучению законов природы, международного права и его норм, создав для этого кафедры в университете. Но он не осознавал, просвещая тем самым народ, что суверенная власть была установлена для всеобщего блага страны, а не одного лишь правителя, и что ей необходимо положить определенные пределы».
Другие критики утверждали, когда после падения Помбала появилась возможность безопасно высказывать свое мнение, что многие из его реформ задумывались слишком поспешно и произвольно, они были противоречивы и не соотносились с реальностью. Многие указы были впоследствии отменены спустя всего несколько месяцев после их принятия, так как Помбал, хотя и не терпел возражений, был готов выслушать конструктивные предложения и никогда не боялся переменить свое решение, если это не касалось иезуитов, в отношении которых у него была настоящая фобия. Отсутствие согласованности и системности в законодательстве, особенно в указах и законах, с помощью которых он намеревался энергично стимулировать развитие португальской промышленности, начиная где-то с 1765 г., были в основном следствием настоятельной необходимости принять быстрые и решительные меры, чтобы ослабить зависимость Португалии от импорта во время тяжелого экономического кризиса 1756–1775 гг.
Хотя многие реформы Помбала оказались неудачными, недолговечными или просто вредными, некоторые из них были успешными и пережили его падение и последовавшую за этим клерикальную реакцию. Он отменил рабство в Португалии в 1761–1773 гг. не столько по гуманитарным соображениям, сколько из опасения, что труд негров-рабов, вместо того чтобы найти применение в сельском хозяйстве и на золотых приисках в Бразилии, будет использоваться в домашних хозяйствах в самой Португалии. Помбал покончил с расовой дискриминацией в азиатских колониях, придерживаясь принципа: «Его Величество делит своих вассалов не по цвету кожи, а по их достоинствам». В Америке он поощрял браки между белыми поселенцами в Бразилии и индейцами, находившимися в своем развитии на уровне каменного века. Он коренным образом реформировал устаревшую программу обучения в Университете Коимбры, усовершенствовав преподавание юриспруденции, математики и медицины. Он старался сформировать более образованный средний класс, учредив Торговый колледж в Лиссабоне и открыв на государственные субсидии школы в Португалии, Бразилии и Гоа. Он покончил с ужасным разделением между «старыми» и «новыми» христианами, принял строжайшие законы против антисемитизма, тем самым избавив португальское общество от зла, которое отравляло его на протяжении многих столетий.