Помбал с этого времени считал причиной всех проблем и любой оппозиционной деятельности тайное вмешательство Общества Иисуса, и не важно, где это происходило, в Португалии или колониях. Был всего лишь один-единственный случай, когда его доверие к англичанам было поколеблено. Французский министр иностранных дел Шуазель только намекнул ему (в июне 1767 г.), что англичане активно готовят заговор, чтобы захватить Бразилию с помощью «пятой колонны», и это были иезуиты! Помбал твердо верил, и в своем убеждении он не был одинок, в несказанные богатства иезуитов и в то, что они прячут сокровища в своих резиденциях. Но никаких сокровищ не было обнаружено, когда по распоряжению Помбала в 1759–1760 гг. вся собственность иезуитов во всей Португальской империи была конфискована. У иезуитов, конечно, были обширные земельные владения, включая сахарные плантации в Баии, скотоводческие ранчо на острове Маражо и в Пиауи и сельские поместья, в которых трудились рабы, в Анголе и долине Замбези. Однако Помбала интересовали не сахарный тростник, скот и рабы, а якобы тайно спрятанные ими золото и серебро, которых у иезуитов в действительности не было.
Судя по всему, иезуиты нигде не имели такого прочного положения и не обладали такой властью и влиянием, как в Португалии и в ее заморских владениях в то самое время, когда случилось Лиссабонское землетрясение. Но в течение пяти лет после него деятельность Общества Иисуса все же была полностью запрещена в границах Португальской империи, и его члены или были брошены без суда в тюрьмы, или депортированы в Италию. У иезуитов никогда не было недостатка во влиятельных врагах в других католических странах, таких как Франция, Испания или Венеция, но никогда они не подвергались в Португалии столь уничтожающей критике с тех самых пор, когда впервые они достигли командных высот во время правления короля Жуана III. Героические усилия Помбала по сокрушению мощи португальского отделения Общества Иисуса оказались прелюдией к изгнанию иезуитов из Франции и Испании (1764–1767) и вынужденному запрещению папским указом самого общества в 1773 г. Первоначальный успех в этом деле был достигнут благодаря тому, что короля Жозе убедили, что иезуиты были вовлечены в заговор, целью которого было убийство монарха, который едва не стал реальностью в сентябре 1758 г. Этот заговор был, несомненно, делом рук представителей аристократического рода Тавора, которые нетерпимо относились к известной всем любовной связи короля с прекрасной молодой маркизой, которая носила их титул. Изобличавшие их улики были вырваны под пыткой, но Помбал использовал этот случай, чтобы запугать аристократию, и казнил семейство Тавора самым варварским способом. Это жестокое действо имело продолжение: в 1761 г. в Лиссабоне сошедший с ума старик иезуит Малагрида был задушен, а затем сожжен. Его казнь Вольтер назвал «смесью смешного и ужасного».
Диффамационная кампания Помбала, направленная против иезуитов, получила отражение в трехтомном труде