Одна из основных причин появления у Помбала навязчивой антииезуитской идеи заключалась в проводимой им политике крайнего регализма и решимости подчинить Церковь практически в каждой области ее деятельности жесткому контролю со стороны государства. Он без долгих рас-суждений, не обращаясь к посредничеству Рима, смещал любого прелата, осмеливавшегося выказать свое недовольство, подобно незадачливому епископу Коимбры, вынужденно оставившему кафедру в 1768 г. Он величал короля в официальных документах «Великим Мастером Ордена Христа (а также Ависского и Сантьяго)», несмотря на то что, согласно каноническим правилам, правящий монарх был только «Правителем и постоянным администратором». Он присвоил монарху в тексте королевского декрета, обнародованного в апреле 1757 г., «право возведения в любом из моих владений церквей и монастырей для монашеских орденов, которые имеют официальное признание со стороны Святейшего престола, без разрешения епископов, приходского священства или любого иного представителя Церкви».
Он запретил португальской инквизиции преследовать «новых» христиан, но обратился к помощи ее трибунала, который использовал как орудие мести против тех людей, которых ненавидел, таких как падре Малагрида, и превратил его в репрессивный орган монархии. В итоге он изгнал папского нунция (кардинала) из Лиссабона под банальным предлогом, основывая свое решение на протоколе, принятом в июне 1760 г. Дипломатические отношения с папским престолом были возобновлены только десять лет спустя, когда он дал свое согласие на это в январе 1770 г. Это произошло лишь тогда, когда папа Климент XIV уступил во всех спорных вопросах и обратился к Помбалу в подобострастной и заискивающей манере. Неудивительно, что английский посланник в Лиссабоне в то время полагал, что Помбал старался подражать Генриху VIII и Томасу Кромвелю, чтобы добиться полной независимости португальской церкви; однако Помбал всегда считал себя практикующим добропорядочным католиком и, конечно, нисколько не был склонен к протестантизму. Именно предельный регализм в действительности вдохновлял его, о чем свидетельствует и его предписание архиепископу Гоа в 1774 г., что, как только принимается какой-либо королевский указ или новый закон, «люди всегда должны в разговоре называть его «святой» и «святейший», поскольку эти законы исходят от «Мессии помазанника Божьего».
Помбал ни во что не ставил привилегии церкви в стране, в которой большинство народа от короля до простолюдина находились под властью священника в гораздо большей степени, чем в любой другой стране мира, может быть, за исключением Тибета. Все это наглядно свидетельствует о действенности его диктатуры. Тюрьмы Лиссабона были полны несчастным народом всякого звания; заключенные содержались в подземных темницах без предъявления им законного обвинения, не представ даже перед судом. Информаторы и тайные агенты при подобной диктатуре плодились в невиданном количестве; в описываемые 1759–1777 гг. это было воистину царство террора. Люди понимали, что им нельзя высказывать критические замечания о Помбале даже в частной беседе между друзьями. Не существовало никакой явной и организованной оппозиции. Точное число жертв никогда не будет установлено, но около 800 человек были освобождены из тюрем Лиссабона и ближайших к нему городов, когда король Жозе умер и Помбал в феврале 1777 г. потерял власть. Подсчитано, что, по всей вероятности, вдвое больше людей умерло во время заключения; и, хотя некоторые счастливчики получили в эти годы свободу, общее количество арестованных и посаженных в тюрьмы на те или иные сроки по приказу Помбала достигало, вероятно, около 4 тысяч человек. Это было нечто беспрецедентное для Португалии, даже если принять во внимание террор инквизиции. «Священная канцелярия», в конце концов, воспринималась положительно многими тысячами людей, и аутодафе было любимым зрелищем лиссабонской черни, которую привлекало зрелище медленной и мучительной смерти сгоравших на костре несчастных евреев. Но в 1776 г. австрийский посланник в Лиссабоне, бывший в наилучших отношениях с Помбалом, сообщал своему правительству: «Эта страна, находящаяся в тисках деспотического правления маркиза Помбала, друга короля, его фаворита и премьер-министра, уверена в том, что только смерть монарха может вызволить народ из-под тиранического и невыносимого ига. Страна никогда не была в более бедственном положении и не имела более жестокого правителя».