Труды французских физиократов и энциклопедистов вдохновляли как образованных португальцев, стремившихся воплотить в жизнь административные, аграрные и образовательные реформы, так и образованных бразильцев, которые, усвоив политические и социальные идеи энциклопедистов, вывели колонию на дорогу к независимости. Труды просветителей были запрещены в Португалии и по всей империи даже и после реформы образования Помбала. Но значительное число зажиточных бразильцев посылали теперь своих сыновей учиться в Европу, и не только в Университет Коимбры, но и в Монпелье и другие учебные заведения Франции. Эти молодые люди возвращались в Бразилию с новыми европейскими идеями, рожденными Войной за независимость в Северной Америке, бурным развитием Промышленной революции, распространением масонства и в атмосфере ожидания грядущей Французской революции. Эти идеи могли получить отклик только в среде высокообразованных соотечественников, и они не предусматривали разрыва с Португалией, хотя получение независимости Соединенными Штатами подтолкнули бразильцев к мысли о подобном шаге. Все больше распространялось недовольство португальским правлением, но причины этого были различны в зависимости от области страны.
Негодование по поводу давящего бремени колониальных налогов было всеобщим. Особенно отрицательным было отношение к уплате одной пятой части всех доходов королю и церковной десятины, взыскание налогов с подрядчиков королевских монополий. Все эти налоги были достаточно высокими в штате Минас-Жерайс, и власти не сделали ничего, чтобы упорядочить их, когда произошло резкое снижение добычи золота. Коррупция и неэффективность колониальной бюрократии, чей труд был низкооплачиваемым, усугублялись постоянной необходимостью обращаться по многим вопросам к министрам в далекий Лиссабон, которые были непревзойденными мастерами затягивать решение дела. Монархи из династии Браганса рассматривали Бразилию как свою «дойную корову», что было сказано первым ее представителем; и во многих местах подобный очевидный факт вызывал растущее недовольство. Население континентальной Португалии к концу XVIII в. достигло, вероятно, 3 миллионов человек, а Бразилии – около 2,5 миллиона человек. Но одна треть последних были негры-рабы, а большая часть оставшихся были, как их называли колониальные чиновники, «люмпен-пролетарии»
Одно из первых и наиболее известных движений за отделение Бразилии или по крайней мере части ее от Португалии и учреждение республики получило название Инконфиденсия Минейра и имело место в 1789 г. в Минас-Жерайсе. Движение, плохо организованное, так и не успело выйти за рамки всеобщей дискуссии преисполненных смутных надежд заговорщиков, когда предатель выдал их властям. Главари движения, среди которых были как бразильцы, так и европейцы, были арестованы и преданы суду. В итоге из осужденных на смерть 11 человек был казнен только один заговорщик, остальные отправлены в ссылку в Африку или получили разные сроки тюремного заключения. Так случилось, что милосердие, проявленное монархом в этом случае, резко контрастировало с жестоким подавлением подобного движения в Гоа двумя годами ранее. Заговор, целью которого было изгнать португальцев и объявить Гоа республикой, был еще на стадии подготовки, когда был раскрыт из-за предательства одного из его участников. Во главе заговора стояли некоторые священники Гоа, которые побывали во Франции и вернулись, вдохновленные идеями Просвещения. Пятнадцать жителей Гоа, как гражданских лиц, так и военных, были варварским образом казнены; и, хотя сан спас виновных священников, некоторые из них были брошены умирать в тюрьму в Лиссабоне, даже не представ перед судом. Трудно поверить, что различное отношение к заговорщикам объяснялось чисто расовыми предрассудками, потому что в Бразилии все инконфиденты были белыми, а в Гоа все жертвы были цветными.