Недостаточно хорошо подготовленный республиканский заговор, вдохновленный успехом Французской революции, был раскрыт в Баии в 1798 г.; участники этого движения были цветные из низшего класса и негры-рабы. Его подавили, казнив четырех зачинщиков. Более серьезным был республиканский мятеж в Ресифи в 1817 г. Он быстро распространился в окрестных районах; его поддержали священники, чиновники, солдаты и плантаторы. Спустя два месяца он был подавлен португальскими войсками, посланными из Баии, но казнь восьми вожаков и аресты многих его участников только усилили нелюбовь местных уроженцев к прирожденным португальцам; их неприятие здесь было более глубоким, чем в других областях Бразилии.
В 1807 г. в Португалию вторглись французские войска – после того, как принц-регент, преодолев свою нерешительность, все-таки отказал Наполеону в требовании к его стране присоединиться к континентальной блокаде Великобритании. Королевская семья была вынуждена бежать в Бразилию, где в Рио-де-Жанейро королевский двор пребывал до 1821 г. Сразу же по прибытии в Бразилию принц-регент под давлением англичан принял декрет об открытии всех бразильских портов для торговли с дружественными государствами. В действительности это касалось, прежде всего, англичан – вплоть до окончания Наполеоновских войн. В 1815 г. Бразилия была провозглашена королевством, а в следующем году дон Жуан стал королем Португалии и Бразилии после смерти безумной престарелой королевы-матери. Он не захотел возвращаться в Европу, хотя война на полуострове уже закончилась. Однако, когда в 1820 г. конституционный переворот в Португалии привел к формированию в Лиссабоне либерального представительного правительства, он был вынужден год спустя вернуться в столицу. Когда король Жуан VI наконец покинул Рио, у него было явное предчувствие, что Бразилии еще недолго оставаться единым целом с Португалией. Он сказал своему старшему сыну, остававшемуся регентом в Рио-де-Жанейро: «Педру, если Бразилия пойдет своим собственным путем, пусть это произойдет при тебе, сохранившем ко мне уважение, чем в правление различных авантюристов».
Назревшее отделение ускоряли безрассудные действия депутатов либеральных Конституционных кортесов, собравшихся в Лиссабоне в 1820–1821 годы. Вместо того чтобы принять предложения бразильских депутатов, что Португалия и Бразилия должны остаться единым королевством с равными правами обеих его частей, они настаивали на восстановлении полного контроля португальских воинских частей в Бразилии и требовали от дона Педру вернуться в Европу для завершения образования. Это бестактное отношение, естественно, вызвало глубокое возмущение в Бразилии, особенно в Рио, Сан-Паулу, Минас-Жерайсе и Пернамбуку. Многие известные бразильцы, во главе которых встал Жозе Бонифасиу ди Андрада-и-Силва, которого называли «Патриархом независимости», призвали дона Педру не оставлять страну. Командование португальского гарнизона в Рио угрожало насильно заставить его уехать, но вскоре военные капитулировали перед местным ополчением. События торопили его действовать, и, вспомнив, может быть, совет своего отца, дон Педру решил сделать то, что можно выразить одной фразой: «Если ты не можешь одолеть их, присоединись к ним». 7 сентября 1822 г. он театрально заявил: «Время пришло! Независимость или смерть! Мы отделились от Португалии». Декларация независимости не во всех частях Бразилии была встречена с энтузиазмом. Южные области и Пернамбуку в целом ее поддержали, но в Баии был сильный португальский гарнизон. Португальцы были незадолго до этого выбиты из Мараньяна и Пара силами морской экспедиции, возглавляемой британским авантюристом лордом Т. Кокрейном. К концу 1823 г. последние португальские войска покинули землю Бразилии, и во всей стране установилась власть императора Педру I. Отчасти в результате вмешательства британской дипломатии (или шантажа, как некоторые это называют) правительство Португалии все же признало в 1825 г. независимость Бразилии.