Дополнительную нагрузку на бюджет основных колониальных муниципальных советов (Гоа, Баии, Рио-де-Жанейро и других городов) представляли займы для ведения монархом боевых действий на суше и на море. Эти займы редко погашались полностью, часто имели место лишь символические выплаты. Классическим примером является история займа, предоставить который потребовал от Гоа дон Жуан де Каштру в 1547 г. для оказания помощи Диу. Его клятвенное заверение в том, что он будет погашен, в этот раз оказалось полностью выполненным. Муниципалитет Гоа предоставил большую часть денежных средств на нужды экспедиции, разграбившей город-крепость Джохор-Лама в 1587 г., для армады, освободившей Малакку от голландцев в 1606 г., и для армады, снявшей осаду Ачеха с Малакки в 1629 г. На другом краю империи муниципалитет Рио-де-Жанейро собрал 80 тысяч крузадо в качестве «безвозмездного дара» для флота, которым командовал Салвадор Коррейя де Са-и-Бенавидиш. Последний отвоевал в 1648 г. Луанду у голландцев, тогда как правительство в Лиссабоне направило 300 тысяч крузадо на эту цель, но только в качестве займа. Рио-де-Жанейро и Байя впоследствии щедро выделяли в виде займов и дарений деньги на снаряжение экспедиций с целью освобождения Сакраменто в устье Ла-Платы от испанцев в 1680–1770 гг. Муниципалитет Баии в 1699–1700 гг. даже сделал пожертвования на строительство военного корабля с командой в 300 матросов для освобождения Момбасы, которую осаждали в то время оманцы, хотя действия в Восточной Африке не приносили непосредственной пользы Бразилии, в отличие от Анголы.
Колониальные муниципалитеты были также ответственны, полностью или частично, за снабжение продовольствием и обмундированием гарнизонов в своих городах, за строительство и поддержание в надлежащем состоянии крепостных укреплений, а также за снаряжение прибрежных флотилий, боровшихся с пиратами. Если принять во внимание все эти необходимые и чрезвычайные расходы, неудивительно, что зачастую муниципалитеты едва сводили концы с концами и, как правило, были постоянно в долгах. Поскольку траты на церковные празднества, на армию и флот превышали все другие расходы, ремонтом дорог и мостов, прокладкой канализации занимались от случая к случаю, и все это коммунальное хозяйство пребывало в запущенном состоянии. Такое наплевательское отношение к общественным работам усугублялось еще и тем, что дворяне и священство часто отказывались платить свою часть муниципальных налогов. Одни ссылались на аристократические привилегии, другие – на право клира не платить подати. Эти привилегированные классы просто игнорировали все требования, предупреждения и просьбы муниципалитетов. Из официальной переписки видно, что почти все муниципалитеты, включая лиссабонский, постоянно жаловались на эту проблему. Только в столице королевская администрация время от времени вмешивалась в дела муниципалитета, поддерживая его требования строгого соблюдения медицинских предписаний, но это помогало ненадолго. Только когда случалась серьезная эпидемия, как это было с Байей, которую в 1686–1687 гг. посетила желтая лихорадка, «сильные мира сего» вспоминали о предупреждениях муниципального совета. Но не успевала беда уйти, как они вновь возвращались к своей прежней политике обструкции и отказа от сотрудничества.