Несмотря на эти и подобные им проявления интереса к научному поиску в пределах «Португальской ойкумены», надо признать, что правление короля Жуана V было скорее временем посева, чем жатвы. Основными причинами этого было отсутствие преемственности и последовательности в действиях короля, а также тот факт, что реформаторы представляли собой небольшую группу на вершине властной пирамиды, чье влияние не распространялось глубоко в народ. Типичным примером отсутствия преемственности была научная академия, основанная с большой помпой англичанином Льюисом Вейденом в Лиссабоне в 1725 г. Он разрекламировал претенциозную программу «экспериментальной философии», которая должна была преподаваться для аристократов и дворян, включив в нее курсы по физике, оптике, химии и механике, но эта академия просуществовала всего несколько недель. В эпоху абсолютизма очень большое значение имела поддержка и покровительство со стороны короля. Король Жуан Y, как мы уже убедились, в последние годы своей жизни предался благочестивым размышлениям и меньше уделял внимания наукам и искусству, за исключением его любимой церковной музыки, которой он покровительствовал до самой смерти. Некоторые сторонники реформ, такие как Каштру Сарменту, Верней и Рибейро Санчес, так и не вернулись в Португалию из своей добровольной ссылки. Другие, как Фризейраш, умерли в то же самое время, что и король.
Тем не менее семена были посеяны, и, когда труд Вернея появился в 1746 г., он имел небывалый успех, несмотря на яростную критику и конфискацию первого издания лиссабонской инквизицией. Тем не менее именно один из инквизиторов позволил тайно отпечатать произведение Вернея в типографии монастыря Св. Элигия! В тот же самый 1746 г. иезуит ректор коллегии искусств в Коимбре выступил с предупреждением о нежелательности преподавания или обсуждения новых идей «Декарта, Гассенди, Ньютона и других… или любых иных утверждений, которые противоречат учению Аристотеля». Это говорило о том, что основы схоластического учения подвергались критике уже в его твердыне в Коимбре. Это было следствием распространения новых реформаторских идей на протяжении трех предшествовавших десятилетий.
Еще остававшиеся в живых сторонники реформ приветствовали решение Помбала изгнать иезуитов и намерение диктатора воплотить в жизнь некоторые (хотя, конечно, не все) их идеи, о чем свидетельствовали реформы образования в 1759–1772 гг. Государственная система образования была полностью секуляризована, хотя и невозможно было сразу найти кандидатов для занятий кафедр латинского и греческого языков, риторики и философии, которые были образованы (на бумаге) в Португалии. Возникли проблемы найти даже 500 учителей для новых начальных школ. Конфискованные библиотеки иезуитов, вместо того чтобы быть переданными другим учреждениям, остались без присмотра в небрежении или были распроданы по смешной цене. В 1761 г. Помбал основал Коллегиум для дворян
Помбал был более удачлив в реформе системы университетов. Институт иезуитов в Эворе был закрыт, а в Коимбре коренным образом реформирован в 1772 г. Были образованы факультеты математики и философии, медицинский и юридический – реорганизованы. Был заложен Ботанический сад; созданы Музей естествознания, лаборатории и обсерватория; организованы анатомический театр и больница для практического обучения студентов. И вновь проблемы финансирования помешали реализации программы Помбала, как и в других начинаниях, но, что самое важное, было решительно покончено со схоластикой. Однако бескомпромиссная борьба Помбала с наследием иезуитов привела его к закономерному итогу – вместе с водой выплеснули и ребенка. Многие его реформы носили тоталитарный характер и отражали ультрарегалистские убеждения.