Другой причиной провала политики португальцев «плодиться и размножаться» в азиатских и африканских прибрежных поселениях в XVII и XVIII вв. были плохие климатические условия местностей, где располагались основные их крепости, особенно Гоа и остров Мозамбик. Последнее место в описаниях путешественников, отправлявшихся в Индию еще в 1550 г., представлялось настоящим кладбищем. Что касается «золотого» Гоа, то его муниципальные власти писали в Португалию к королевскому двору в 1582 г., что обстановка в колониальной столице стала особенно нездоровой после великой осады 1570–1571 гг., и ситуация постоянно ухудшалась в течение последующих двух столетий. Двумя основными причинами этого прогрессирующего ухудшения были пористые почвы и участившиеся заболевания малярией. Что касается первого фактора, то он способствовал просачиванию стоков ливневой канализации в колодцы, откуда домохозяйства брали воду для питья, и потому стремительно распространялись заболевания в результате отравления воды фекальными массами. Увеличивавшемуся числу заболеваний малярией способствовал застой воды в колодцах, резервуарах и заброшенных бассейнах для купания, где формировалась благоприятная среда для размножения кровососущих насекомых-переносчиков. Но причины тропических заболеваний, таких как дизентерия и малярия, не могли быть диагностированы вплоть до наступления XIX и XX столетий. Современники могли приписывать причину смерти якобы нездоровому климату и воздуху, особенно «воздуху в ночное время». По имеющимся данным, в Королевском госпитале для солдат в Гоа за первые 30 лет XVII в. умерло 25 тысяч португальцев. Это были умершие на постое или во время службы на борту кораблей. Хотя надежная статистика за длительный период наблюдения отсутствует, нет никакой причины предполагать, что наблюдалось какое-либо снижение потерь в рабочей силе на протяжении последующих 150 лет. Положение горожан тоже не улучшилось; за это время целые районы некогда людной столицы были заброшены и превратились в джунгли, несмотря на все усилия муниципалитета остановить этот катастрофический упадок. Администрация была вынуждена оставить Старый Гоа в 1760 г. и переехать в значительно меньшее поселение Панаджи, расположенное в нескольких милях ближе к устью реки Мандови, но с более здоровыми природными условиями.
Второй причиной снижения численности белого и евроазиатского населения в Португальской Индии было распространение дезертирства среди прибывших новобранцев и солдат, набранных среди заключенных и составлявших значительную часть гарнизона. Первые сообщения об этом восходят к временам Афонсу д’Албукерки. Здесь достаточно привести два типичных свидетельства об этой проблеме. Первое принадлежит дону Криштовану де Мелу, участнику Государственного совета в Гоа в августе 1721 г., когда обсуждался план совместной англо-португальской экспедиции против капера Канхонджи Ангриа, вождя маратхов Алибага. Де Мелу обратил внимание на то, что в Гоа оставалось только 700 солдат гарнизона, многие из которых были негодны к военной службе. «На многих солдат нельзя положиться, поскольку нам известно, как неохотно они выполняют свои обязанности. Несмотря на то что им платят вовремя и регулярно выдают довольствие, они все равно дезертируют при первом удобном случае, без всякой причины, предпочитая скорее быть рабами мусульман, индусов и еретиков, чем вассалами своего короля. Это то, чего мы не можем избежать, поскольку большинство из новобранцев – осужденные и высланные за всякие бесчестные преступления, и потому от них нельзя ожидать отважного поведения и рвения в таком важном предприятии».
Двадцать пять лет спустя вице-король дон Педру де Алмейда, маркиз Каштелу-Нову, писал государственному секретарю в Лиссабон, что он не в состоянии справиться с дезертирами. Он прекрасно понимал, что наилучший способ предотвратить дезертирство – это платить, одевать и кормить солдат должным образом и не раздражать их жестокими наказаниями. «Так в этом государстве относятся к ним, и, несмотря на все, случаи дезертирства столь часты и многочисленны, что я боюсь, у нас вскоре не останется ни одного европейского солдата». Из тех людей, которые остались в Гоа, большинство вступило в религиозные ордена.