Несмотря на то, что протестантами были не только проживающие в Российской Империи лица германского происхождения, но и этнические славяне, протестантизм занимал по отношению к Русской православной церкви второстепенное положение. Согласно Своду законов Российской империи, все исповедания располагались на четырёх иерархических уровнях со своим объёмом прав и ограничений. На первом уровне находилась Русская православная церковь, обладавшая статусом государственной и господствующей. Протестантские церкви (вместе с католиками, мусульманами, иудеями и буддистами) находились на второй ступени (так называемые признанные терпимые вероисповедания). Третью ступень (терпимые непризнанные) занимали старообрядцы (раскольники) и некоторые секты, четвёртую (непризнанные нетерпимые) – скопцы – так называемые «изуверные» секты, а также те исповедания, которые в зависимости от конкретно – исторических обстоятельств определялись государством как враждебные. Принадлежность к религиозным объединениям четвёртой ступени преследовалась по закону. Конфессиональная принадлежность смыкалась с этнической, а любой переход отдельного лица в другое исповедание (кроме православного) законом не допускался. Любая проповедь своего вероучения, кроме православного, за пределами своей этноконфессиональной корпорации (католики – поляки, лютеране и баптисты – немцы, мусульмане – татары и т.д.), квалифицировалось законодательством как проявление националистических тенденций. Российское законодательство почти не знало ограничений по национальному признаку, но они фактически имели место и определялись конфессиональной принадлежностью [52, с. 17–19]. С 1880-х. гг. XIX в. правительством были предприняты шаги по установлению приоритета церкви в области народного образования. Православная школа должна была укрепить религиозное и национальное единство страны. Учитывая тот факт, что крестьянство и мещанство составляло почти 90% населения, правительство считало важной задачей воспитание на основе православия. Православная школа должна была защитить народ от идей либерализма и радикальных течений. С 1884 г. школы стали подчиняться не светскому учебному начальству, а Училищному совету при Синоде, которому подчинялись епархиальные училищные советы вплоть до уездного уровня. На первое место в школах ставилось воспитание в церковно-православном духе. Несмотря на почти десятикратное увеличение церковно-приходских школ с 1884 по 1905 гг., идеологизация образования в целях укрепления национального и религиозного единства страны вызвала обратный ожидаемому эффект. Насаждение православия, проводившееся в тяжёлых формах казённого формализма, воспитало религиозный индефферентизм, а русификация вызвала на окраинах империи ненависть к русскому языку и культуре. Российское законодательство не признавало свободы веры как таковой и смотрело на неё с точки зрения идеологии и задач национальной политики. Таким образом, характерными признаками вероисповедной политики Российской империи были: интенсивное вмешательство государства в жизнь религиозных организаций, юридическое неравенство конфессий (предоставление привилегий господствующей православной религиозной организации), тесное взаимодействие правовых и религиозных норм, сильное влияние религиозной идеологии на правосознание, освящение религией государства и права, недопущение законами вневероисповедного состояния граждан и права свободного религиозного самоопределения [52, с. 20–22]. Реформы 1905–1906 гг., принятые под революционным давлением, отменили наиболее одиозные ограничения религиозной жизни иноверных и инославных исповеданий, но практически не затронули Православной церкви, которая по-прежнему оставалась в ведении обер-прокурора и синодальной бюрократии. Дальнейшее реформирование вероисповедной системы России приходилось на период после февральской революции 1917 года и осуществлялось Временным правительством. Закон от 14 июля 1917 года провозглашал, что пользование гражданскими и политическими правами не зависит от принадлежности к исповеданию, и никто не может быть преследуем и ограничиваем в каких бы то ни было правах за убеждения. Законом допускался свободный переход из одного вероисповедания в другое и внеисповедное состояние. Но эти принципы не были реализованы. Временное правительство оставило в неприкосновенности царские законы, определяющие взаимоотношения между православными, инославными и иноверными религиозными организациями и государством. Были сохранены правомочия государства в отношении всех церквей и доминирующее положение Православной церкви. После упразднения обер-прокурорского аппарата и учреждения Министерства исповеданий министр исповеданий сохранял всю полноту власти обер-прокурора, вплоть до реформы церковного управления Поместным собором. Принципы свободы совести и исповеданий из-за сопротивления реакционной части элиты и правого политического крыла не получили законодательного закрепления, не были приведены в соответствие с существовавшим законодательством и в конечном итоге по мере спада революционного движения оказались дезавуированы [52, с. 23–39].