В мирное время полковые священники подчинялись архиерею той епархии, где была расквартирована часть. В военное время в числе чинов генерального штаба при фельдмаршале или генерале, командующем армией, вводилась должность полевого обер-священника. Полевой обер-священник управлял всеми полковыми священниками, передавал приказы командующего относительно времени богослужения и благодарственных молебнов, разрешал конфликтные ситуации между военными священнослужителями, наказывал провинившихся. Таким полевым обер-священником, назначенным в заграничную армию «для прусской войны», был протопоп Иоанн Богаевский. Ему была выдана особая инструкция, определяющая основные обязанности полевого обер-священника. Прежде всего в ней было указано, что обер-священник призван «не властительствовать с повелением, но токмо духовные дела править, больше же ни в какие дела ни вступать, ниже что по воли и пристрастию своему затевать». В отношении к находившимся в армии иеромонахам и священникам полевой обер-священник по данной ему инструкции обязывался смотреть, чтобы названные иеромонахи и священники «со всякою ревностью свое звание исполняли, являя на себя образ благочестия и жительства духовного, не упивалися бы, и не кощунствовали, но во всем поступали воздержательно, да звание и служение их безпорочно будет», чтобы они в учрежденные по военному уставу часы непременно к молитвам утренним, дневным готовы были на всяк день, якоже определено в книжицах молитвенных, а в воскресные, праздничные и торжественные дни вечерню, утреню, часы, а особливо в торжественные дни молебны отправляли ничего не прилагая, чтобы иеромонахи и священники свое правило читали в определенных им местах тихо и на оное служащих людей не созывали, дабы чтением партикулярным помешки и препятствия в полковых делах не делать, чтобы иеромонахи и священники все это исполняли «с благоговением и с подобающим искусством, возбраненных же причин подозрение церковным служителям и укоризну наносящих весьма отчуждались, имуще страх жестокого наказания и чинов лишения». Для действительности подобного надзора и наблюдения инструкция обязывала обер-полевого священника «во всякой седмице» и вообще чаще, как возможно «навещать подведомых ему священников и порученные им церкви» и при этом: «спрашивать у командующих офицеров довольны ли они своим священником и исправляет ли он все по подобающему». Если бы оказались какие-либо несогласия между священниками, или были принесены на них жалобы от других лиц, в таком случае полевой обер-священник обязывался не только склонять «к миру» и наставлять «к доброму житию» враждующих, но и чинить расправу «правдиво и безпристрастно» руководствуясь при этом как правилами св. отец, так и светскими указами, которых и требовать «от походной канцелярии»[43]
. Себе в помощь для надзора за другими священниками и управления ими полевой обер-священник протопоп Иоанн Богаевский назначил священника Василия Простобоярова.В связи с тем, что полевому обер-священнику протопопу Иоанну Богаевскому предстояло служить при заграничной армии в Пруссии, ему предписывалось в чужестранных государствах по преимуществу вести себя «безукоризненно» и «из людей иного исповедания» ни с кем не вступать в споры о вере, не допускать к ним и других священников. Особые наставления содержались в инструкциях и относительно хранения государственных дел в тайне и неразглашению об них в частной переписке[44]
.Все эти инструкции протопоп Иоанн Богаевский старался выполнять. Полковой пастор русской армии Теге оставил о нём следующие заметки: