В этот период Сечин и Путин стали очень близки. По словам Манского, "он часами сидел в кабинете Путина". Другие сотрудники Администрации Президента приняли это к сведению и вели себя соответствующим образом. Когда Дмитрий Ежков, журналист, знакомый с Сечиным по работе в Санкт-Петербурге, пришел к нему с просьбой помочь найти работу, Сечин вызвал пресс-секретаря Путина Алексея Громова, который жестко встал перед столом Сечина, а двое других остались сидеть. Я думал, что моя карьера политического корреспондента закончена, - писал позже Ежков. Никто из коридоров власти не мог принять такого унижения". Но Сечин просто сказал: "Возьмите этого человека!", и Громов нашел ему место в кремлевском репортерском пуле.
Ходорковский не был дураком. Он понимал, что повлиять на расстановку сил в Кремле невозможно. Но он считал, что можно постепенно усилить влияние Думы, чтобы Россия превратилась в парламентскую, а не президентскую республику. Поэтому он предложил финансовую поддержку не только двум демократическим партиям - "Яблоку" и Союзу правых сил, но и коммунистам, а также проправительственной партии "Единая Россия", образовавшейся в результате слияния "Единства" и лужковско-примаковского блока "Отечество - Вся Россия", в обмен на право выдвигать своих кандидатов на приемлемые места в их партийных списках.
В принципе, это было приемлемо. Несмотря на достигнутое в июле 2000 года соглашение о том, что бизнесмены не должны вмешиваться в политику, существовало негласное понимание того, что они могут делать взносы на избирательные кампании партий, чтобы их интересы были учтены в будущем законодательстве.
Отличие подхода Ходорковского заключалось в масштабах задуманного и открытости его действий. Он ездил по Москве и говорил, что хочет купить треть мест в Думе", - вспоминал Петр Авен. Он вел себя так, как будто ничего не изменилось и Ельцин по-прежнему остается президентом. Ходили слухи, что Ходорковский хотел стать премьер-министром и свести президентство к фигуре главы государства. Он это отрицал. Но правда это или нет, Кремль - или, по крайней мере, Игорь Сечин - воспринял это всерьез.
Руководитель администрации Путина, глава администрации президента Александр Волошин, оглядываясь назад, спустя годы, говорит, что Ходорковский был наивен. Даже если в действительности он не представлял существенной политической угрозы, он не понимал, как это будет воспринято "консервативной частью истеблишмента".
Зимой 2002 г. по указанию Сечина Управление экономической контрразведки ФСБ, возглавляемое Юрием Заостровцевым, тем самым человеком, который руководил расследованием деятельности Гусинского и Березовского, начало негласное расследование деятельности ЮКОСа. Спустя годы Ходорковский пришел к выводу, что интерес Сечина был в основном финансовым. Он хотел найти способ, чтобы государственная нефтяная компания "Роснефть", председателем совета директоров которой он впоследствии станет, завладела активами ЮКОСа. Для этого ему необходимо было убедить Путина в том, что политические амбиции Ходорковского представляют потенциальную опасность и что, пока он остается у руля ЮКОСа, он будет представлять угрозу.
Путин был в раздумьях. Его не надо было убеждать в том, что бизнесменов надо держать на коротком поводке. К Ходорковскому, в частности, он относился с подозрением. У них было много общего - железное самообладание, навязчивое чувство ответственности, желание играть ключевую роль в будущем развитии России. Но Путин был согласен с Волошиным в том, что Ходорковский не представляет непосредственной угрозы. Если бы он принял меры против него или других ведущих бизнес-магнатов, это вызвало бы немедленный резонанс на Западе, и способность России привлекать иностранные инвестиции была бы поставлена под угрозу. Лучше, по мнению Путина, держать их в напряжении, понимая, что любой неверный шаг с их стороны может повлечь за собой возмездие в виде налоговых требований или пересмотра того, как они приобрели свои предприятия в ходе сомнительной приватизации в 1990-е годы.
В декабре 2002 года бизнесмены попытались найти выход из затруднительного положения, предложив единовременные выплаты государству в качестве компенсации сумм, недополученных ими в ходе приватизации. Премьер-министр М.М. Касьянов, считавший это отличной идеей, подсчитал, что это принесет от 15 до 20 млрд. долларов США. Путин не согласился. Я ему говорил, что это хорошо для стабильности, для привлечения иностранного капитала, для доверия инвесторов", - сказал Касьянов. «Но для него важнее было не дать им сорваться с крючка. Пока у них нет гарантий сохранности их собственности, ими можно манипулировать».
Так бы все и осталось, если бы 19 февраля 2003 года в Кремле не состоялась плановая встреча Путина с ведущими членами Российского союза промышленников и предпринимателей.