В конце апреля Путин встретился с Ходорковским и Евгением Швидлером, одним из ближайших соратников Абрамовича, в своей резиденции в Ново-Огарево, чтобы обсудить обнародованный несколькими днями ранее план слияния, а также предложение Ходорковского о создании альянса с американской компанией Chevron, который, в случае его реализации, позволил бы группе стать крупнейшей нефтяной компанией мира. По словам Волошина, Путину эта идея понравилась при условии, что доля американской компании не превысит 25%. Сечину, который считает, что нефтегазовый сектор должен находиться в руках государства, эта идея не понравилась. Что касается других планов Ходорковского, то у Путина были сомнения. ЮКОС настаивал на строительстве нефтепровода из Восточной Сибири в Китай в качестве геополитического противовеса трубопроводу, который планировалось построить в Мурманске для экспорта в США. "Роснефть" предпочитала маршрут до тихоокеанского порта Находка для экспорта в Японию. По мнению Путина, эти вопросы должно решать государство, а не частное предприятие. Он также велел Ходорковскому прекратить давать деньги коммунистической партии, на что тот с готовностью согласился. Если Путин сказал ему, что он может финансировать "Яблоко" и "Союз правых сил", но не коммунистов, он не стал спорить. В целом, по мнению Ходорковского, встреча прошла хорошо, и он был уверен, что Путин видит важную роль ЮКОСа в интеграции России в мировую экономику.
Однако Сечин не сидел сложа руки. В мае по его инициативе московский аналитический центр, возглавляемый Станиславом Белковским, эксцентричным молодым политическим комментатором с кустистой бородой, абсурдистским чувством юмора и склонностью к теориям заговора, выпустил доклад с ярким названием "В России готовится олигархический переворот". В нем утверждалось, что ведущие бизнес-магнаты планируют установить систему, подобную той, что существовала в Венеции XIV века, где княжеством управлял Совет десяти, а номинальный лидер, дож - прозрачный намек на Путина - стал фигурантом. Ходорковский, как утверждалось в докладе, был движущей силой этого плана. Когда четыре недели спустя Путина спросили об этом на пресс-конференции, он предупредил, что Россия "не позволит отдельным бизнесменам влиять на политическую жизнь страны в своих корпоративных интересах". Магнаты, по его словам, должны держаться "на равном расстоянии от государственных органов... Что касается тех, кто не согласен с этим принципом - знаете, как говорили в старину: одни ушли навсегда, другие - далеко". Эта строка - из последней строфы пушкинского "Евгения Онегина", напоминающая о судьбе декабристов, сосланных в Сибирь после восстания против Николая I.
На той же неделе по обвинению в убийстве был арестован руководитель службы безопасности ЮКОСа Алексей Пичугин. Это оказалось первым из череды предупредительных выстрелов. 2 июля был задержан председатель совета директоров головной компании ЮКОСа "Менатеп" Платон Лебедев. Через два дня Ходорковский и его партнер Леонид Невзлин были вызваны на допрос в прокуратуру. 16 июля было объявлено, что в отношении ЮКОСа будет проведена налоговая проверка.
Фактически даже на этом этапе Путин еще не принял окончательного решения.
Сечин и его единомышленники настаивали на показательном наказании, мотивируя это тем, что если не обуздать амбиции Ходорковского, то его примеру последуют другие, и государство окажется обезоруженным против власти денег. Однако нельзя было легкомысленно относиться к ущербу, который нанесет российской экономике отток капитала и сокращение иностранных инвестиций, которые последуют за полномасштабными репрессиями против ЮКОСа. Союз промышленников и предпринимателей был достаточно встревожен, чтобы составить письмо Путину, в котором предупреждал, что "бандиты в форме" пытаются "подорвать стабильность [и] пересмотреть результаты приватизации". Кто эти "бандиты", не уточнялось, но пресса, получившая предварительную копию, указала на Сечина, Патрушева и Виктора Иванова. В итоге мужество Союза не выдержало, и вместо него была представлена отредактированная версия."Олигархическая солидарность не работает", - прокомментировал влиятельный еженедельник "Аргументы и факты". Все в ужасе.
Ходорковский был более откровенен. То, что происходит с ЮКОСом, - это "кошмар, чудовищный процесс". По его словам, он не намерен отступать. Я думаю, что никогда не был под такой угрозой ареста, как сейчас, но я стараюсь поддержать своих товарищей, которые оказались в тюрьме. Это моя страна, и мне больше некуда идти. Его коллеги считали, что он готовится к мученической смерти. Тем же летом его партнер по бизнесу Леонид Невзлин тихо уехал в Израиль. Но хотя Ходорковский смирился с возможностью ареста, он не считал его неизбежным. Когда из Кремля косвенно приходили сообщения о том, что ему лучше покинуть страну, он их игнорировал. После ареста Платона Лебедева он 17 раз выезжал за границу. Каждый раз он возвращался.