Осенью 2001 г. Путин объявил о закрытии российской радиолокационной станции в Лурдесе (Куба), которая отслеживала запуски американских ракет и космических аппаратов, и военно-морской базы в Камрань-Бей (Вьетнам), сославшись на изменение приоритетов в сфере обороны страны. Российские военные расценили это как ненужную, одностороннюю уступку, не имеющую под собой никаких предпосылок. Спецслужбы жаловались, что, предоставляя американским коллегам ценные разведданные об Афганистане, они ничего не получают взамен. Поправка Джексона-Вэника, принятая президентом Фордом в 1975 году с целью оказать давление на Советский Союз, чтобы заставить его разрешить эмиграцию советских евреев путем лишения СССР статуса наиболее благоприятствуемой нации в торговле, осталась в силе спустя десятилетие после снятия всех ограничений на эмиграцию. Конгресс отказался исключить Россию, чтобы продемонстрировать свое недовольство вопросами прав человека и успокоить американское фермерское лобби, которое хотело получить уступки для американского сельскохозяйственного экспорта.
В результате в российской элите росло ощущение, что Путина разыгрывают - американцы говорят все правильно, но когда дело доходит до сути, они ничего не предлагают.
Владимир Лукин, который был первым послом Ельцина в США, протестовал: «Односторонние шаги не могут быть вечными... Решения должны приниматься в обе стороны. Они не должны заканчиваться только улыбками и одобрением». Другие спрашивали, не возвращается ли Россия к эпохе Андрея Козырева, который, будучи министром иностранных дел в 1990-е годы, подвергался осуждению за проамериканскую политику. Не только в армии и на флоте, но и в администрации президента высказывалось недовольство "политикой уступок", которая не принесла России ощутимых выгод.
Путин остался непреклонным. Россия сделала "стратегический выбор", сказал он:
Меня спрашивают, может ли все пойти так же, как при Горбачеве. Он тоже стремился наладить отношения с Западом, но это не очень понравилось населению... Сейчас все по-другому. Россия сегодня сотрудничает с Западом не потому, что хочет понравиться или получить что-то взамен. Мы не стоим с протянутой рукой и никого ни о чем не просим. Я провожу такую политику только потому, что считаю, что она полностью отвечает нашим национальным интересам... Сближение с Западом - это не политика Путина, это политика России.
На это были веские причины. Более половины внешней торговли России приходилось на западные страны. Будущий рост России зависел от ее интеграции в мировую экономику, в которой в начале 2000-х годов по-прежнему доминировали США, Евросоюз и Япония. Соединенные Штаты были ее главным стратегическим собеседником. И, как постоянно подчеркивал Путин в первые годы своего правления, хотя Россия географически находилась и в Азии, и в Европе - государственный герб, двуглавый имперский орел, по его словам, обращен и на Восток, и на Запад, - «по культуре и менталитету она является ... неотъемлемой частью Европы». Политика России была «направлена прежде всего на Европу, на формирование единого европейского пространства ... Мы по праву считаем себя европейцами. Культура России, ее важнейшие традиции сформированы именно европейской цивилизацией».
При этом он признал, что России придется запастись терпением.» Процессы отчуждения имеют свою инерцию, - сказал он в интервью газете Financial Times в декабре 2001 года. Повернуть их вспять довольно сложно».
К тому времени назревала еще одна проблема, которая грозила нанести более серьезный удар по отношениям России с администрацией Буша, чем все предыдущие разногласия. В течение нескольких дней после терактов 11 сентября Дик Чейни начал продвигать версию о том, что один из угонщиков, Мохамед Атта, в начале того года встречался в Праге с офицером иракской разведки. ЦРУ провело расследование и сообщило, что эта версия не подтвердилась. Но Чейни не успокоился. В ноябре Буш попросил Пентагон пересмотреть планы действий на случай непредвиденных обстоятельств, чтобы свергнуть Саддама Хусейна. В следующем месяце, когда Белый дом начал верить в то, что война в Афганистане близится к успешному завершению, Чейни заявил, что "достаточно хорошо подтверждено", что Атта действительно встречался с иракской разведкой. 'Учитывая растущую связь между террористами и оружием массового поражения, - продолжил он, - президенту в конечном итоге придется принять решение о том, какую политику мы хотим проводить в отношении Ирака.