К лету 2006 г. Путин пришел к выводу, что ему больше нечего терять, создавая проблемы Великобритании. Важнейшим партнером России стал Евросоюз, ведущими членами которого, по его мнению, являются "Германия, Франция, Италия и Испания", причем именно в таком порядке. Великобритания, которую тремя годами ранее он называл ключом к интеграции России в европейскую экономику, больше даже не упоминалась. Правительство Блэра считалось настолько подчиненным Соединенным Штатам, что оно никогда не будет действовать самостоятельно. Что бы ни происходило в отношениях Москвы и Вашингтона, к лучшему или худшему, считал Путин, Великобритания будет покорно следовать за ним.
Следующий его шаг вывел конфликт на новый уровень.
23 ноября 2006 г. Александр Литвиненко, разоблачитель ФСБ, восемь лет назад разозливший Путина публичными обвинениями в преступном поведении своего начальника, мучительно скончался в лондонской больнице, заболев три недели назад, как сначала считалось, пищевым отравлением.
После приезда Литвиненко в Великобританию МИ-6 некоторое время выплачивала ему гонорар за информацию о российском руководстве, но его сочли несерьезным человеком, и отношения были прекращены. Он по-прежнему был близок к Борису Березовскому, который выплачивал ему щедрое вознаграждение за работу в его циклической кампании по свержению путинского режима. Он также сдружился с Ахмедом Закаевым, еще одной "бестией" Кремля в Великобритании, который был соседом в пригороде Северного Лондона Мусвелл Хилл, где Литвиненко жил с женой и сыном. Литвиненко служил в Чечне во время первой чеченской войны, а в Лондоне встал на сторону чеченцев и принял ислам. Он был одной из тех обаятельных, меркантильных личностей, которые часто становятся крестом для окружающих. Алан Коуэлл, лондонский корреспондент New York Times, в своей книге "Терминальный шпион" пишет, что он был «склонен к навязчивым идеям и крестовым походам... Он не разбирался в истине. Он наслаждался кампаниями, делал дикие выводы. Он был фанатиком. Он был взбалмошным. Он видел связи там, где никто не видел». За месяц до смерти он стал натурализованным гражданином Великобритании, чем очень гордился.
Через свою связь с Березовским в октябре 2004 г. Литвиненко возобновил контакт с бывшим коллегой по КГБ Андреем Луговым, который в конце 1990-х гг. был начальником службы безопасности телеканала ОРТ, контролировавшегося Березовским. Луговой утверждал, что в 2001 г. был арестован и находился в заключении 15 месяцев за попытку помочь одному из соратников Березовского бежать из российской тюрьмы. Так ли это было на самом деле, неизвестно. Несомненно, лишь то, что вскоре после этого при содействии ФСБ он восстановил контакты с Березовским, который рассматривал его предполагаемое заключение как доказательство своей добросовестности. Литвиненко, знавший его еще по работе в Москве, также поверил ему, и они стали работать вместе в качестве консультантов, проводя due diligence для британских компаний, рассматривающих возможность инвестиций в Россию. Луговой представлял себя успешным бизнесменом, который время от времени приезжал в Лондон с семьей посмотреть футбольные матчи.
Во время одного из таких визитов, 1 ноября 2006 г., Литвиненко вместе с ним выпивал в отеле Millennium в Мейфере. Вечером ему стало плохо. Симптомы болезни вызвали недоумение у лечивших его британских врачей. Подозрение быстро пало на Россию, и после исключения пищевого отравления были проведены анализы на наличие таллия - радиоактивного тяжелого металла, который использовался КГБ СССР для совершения покушений. Однако тесты на гамма-излучение дали отрицательный результат. Один из лечивших его специалистов сказал, что вполне возможно, что причина так и не будет установлена.Представитель ФСБ в Москве, отвергая версию о причастности России, сказал, что ведомство сожалеет о случившемся и желает ему скорейшего выздоровления. По его словам, виновных, скорее всего, можно найти среди русской эмиграции в Лондоне.
Для Москвы это был бы идеальный исход. Один из самых яростных критиков Путина, считавший себя в безопасности на Западе, пережил загадочную, мучительную и очень публичную смерть. Для российских политических эмигрантов сигнал был бы ясен. Вот что должно было произойти с теми, кого считали предателями. Тот факт, что Москва могла незамеченной ликвидировать противников за тысячи километров, еще больше пугал.
Сам Литвиненко в своем последнем завещании обвинил в этом Путина. На пресс-конференции в Хельсинки российский лидер выразил свои соболезнования, сказав, что "смерть любого человека - это всегда трагедия", а затем с нескрываемой злобой добавил: "Господин Литвиненко, к сожалению, не Лазарь". Официально британская полиция охарактеризовала его болезнь как "необъяснимую".
ФСБ едва не осталась безнаказанной.