Принципиальные разногласия возникли также по вопросу определения численности вводимых войск. Прибалтийские правительства требовали учета в предоставленных СССР квотах обслуживающего персонала баз, флотских экипажей кораблей, находящихся в их портах, а также военных строителей, занимавшихся созданием необходимой для войск инфраструктуры. Советская сторона оспаривала такой порядок подсчета. Немало споров возникало по хозяйственно – экономическим вопросам, таким, как стоимость передаваемого имущества, арендные ставки, компенсации различного рода и т. д., но тупиковых ситуаций с ними не возникало. Решение ряда вопросов вообще не вызвало никаких сложностей. Так, в целях обеспечения связью советских гарнизонов, дислоцированных в Латвии, 12 ноября 1939 г. в Риге между командованием двух армий было подписано соглашение об использовании телеграфа, телефона, радио и почты вооруженными силами СССР на территории Латвии. В тот же день было достигнуто соглашение о порядке передвижения советских войск по латвийской территории [63, c. 162–165].
Вопросы, связанные с пребыванием советских войск в Прибалтике, находились в центре внимания руководства НКИД СССР. На совещании 19 февраля 1940 г. было решено поручить советским полпредам в Эстонии, Латвии и Литве оказать необходимое содействие торгпредам в заключении договоров на аренду земельных участков и строений. Также полпредам вменялось в обязанность форсировать подписание соглашений о порядке перехода границы воинскими частями, командами и отдельными лицами и предлагалось представить свои соображения по развитию культурных связей со странами пребывания [63, с. 235]. 28 февраля 1940 г., было принято специальное постановление Совнаркома СССР «О мероприятиях, связанных с размещением советских вооруженных сил на территории Эстонии, Латвии и Литвы». Постановление предусматривало комплекс мер по ускорению строительства в странах Балтии объектов военной инфраструктуры для введенного контингента.
Следует подчеркнуть, что все подписанные соглашения стали результатом абсолютно свободной договоренности сторон. В ходе переговоров правительства стран Балтии «не стеснялись» твердо отстаивать свои интересы. Так, 3 января 1940 г. эстонцы настояли на том, что ввод советских частей на территорию страны всякий раз должен был осуществляться исключительно после предварительного уведомления об этом военного министерства. В связи с неоднократным появлением советских самолетов в закрытых для полетов зонах Эстонии Смешанная комиссия постановила, что «командование советских сухопутных и морских войск в Эстонии сделает распоряжение своим военно-воздушным силам о категорическом запрещении полетов вне зон, указанных эстонским командованием». Также был установлен твердый порядок в вопросе о разъездах автотранспорта советских частей по территории страны [63, с. 216–218].
Лучшим доказательством равноправного отношения сторон в ходе переговоров является тот факт, что обсуждение некоторых вопросов затянулось на месяцы, а решения так и не были найдены. Такая ситуация, например, возникла в работе советско – эстонской Смешанной комиссии, в результате чего к началу апреля 1940 г. в НКИД созрело мнение, что дальнейшее обсуждение спорных вопросов в Таллинне бесперспективно и что переговоры надо переносить в Москву. Эти переговоры продолжались еще более полутора месяцев и шли одновременно на нескольких уровнях, от экспертного до наркомовского. (Молотов четырежды включался в работу).
В итоге удалось преодолеть основные разногласия и 8 июня выйти на заключение трех соглашений: «О порядке следования в Эстонию и возвращения в СССР войсковых соединений, частей и команд СССР и отдельных военнослужащих, пребывающих на территории Эстонии согласно Пакту о взаимопомощи от 28 сентября 1939 г., а также групп строительных рабочих и лиц инженерно-технического персонала»; соглашение «Об отводе земельных участков для строительства военно-морских баз, военных городков, базовых и оперативно – учебных аэродромов, для устройства танковых, артиллерийских и авиационных полигонов, учебных полей, стрельбищ, установки береговых батарей и по другим вопросам, связанным с нахождением наземных, воздушных и военно-морских сил СССР в Эстонии» от 15 мая [63, с. 319–325] и, наконец, соглашение «Об общих административных условиях пребывания на территории Эстонии вооруженных сил СССР» [63, с. 355–360].