Два кардинала, возвысившиеся при Павле III и являющиеся авторами Consilium de Emendanda Ecclesia, стали символами соперничавших школ. Первым оказался кардинал Контарини, покровительствовавший первым иезуитам, вторым — кардинал Караффа, организовавший орден театинцев.
Несмотря на многие свидетельства, Контарини не являлся членом «Оратории Божественной любви» в Риме. Он изучал философию среди гуманистов, затем стал гражданским служащим в Венеции и участвовал в Вормсском съезде как венецианский посол. И все же оставался мирянином, когда папа сделал его кардиналом в 1535 году.
Отличавшийся гуманистическими взглядами и личной храбростью, в течение семи лет Контарини оставался стражем и вдохновителем католической Реформации. Он верил, что протестанты в некотором роде правы, заявляя о собственных заслугах. Контарини выражал доктрину справедливости и был готов выработать положения, которые удовлетворят как протестантов, так и католиков. Он верил, что традиционные ошибки, пусть даже самые возвышенные, но совершенные римской курией, должны быть признаны.
Политика примирения достигла своей кульминации на Регенсбургском коллоквиуме в 1541 году. Контарини в сопровождении самых умеренных немецких католических священников и заручившись неявными, но либерально звучавшими инструкциями от папы Павла III, сидел за одним столом с самыми умеренными из немецких протестантских священников.
Во время встречи Контарини следовал полученным инструкциям. Папа требовал, чтобы превосходство папы признали изначально. Контарини видел, что требование расколет собравшихся, и отложил его, включив последним пунктом в повестку дня. Иоганн Экк, полагавший, что умеренность на конференции невозможна, нарушил ее мирное течение, но его все же удалось утихомирить. При сохранявшемся лидерстве Контарини конференция достигла поразительного согласия по поводу решения спорных вопросов об оправдании верой.
Участвовавшим в экуменистической конференции умеренным следовало напомнить, что не все члены их уважаемых церквей являлись таковыми же. Лютер подозрительно относился к тому, что он услышал, и счел соглашение немыслимым. В Риме кардинал Караффа резко выступил против предательства теологов.
Французский король Франциск I внезапно стал опасаться того, что императору Карлу V удастся объединить Германию на основе религиозного мира, достигнутого в Регенсбурге, и с той же горячностью выступил против такого соглашения.
Немецкие католики правого крыла подумали, что достижение соглашения носит иллюзорный характер и они должны идти дальше, доходя до крайностей, если это удовлетворит лютеран. Тем временем конференция в Регенсбурге сама потерпела неудачу по статье о преобразованиях, которые Контарини не мог исключить, а протестанты принять. Папа Павел III заявил, что он не допустит двусмысленной формулировки, и возможность мирного урегулирования растаяла.
В Италии кардинал Контарини столкнулся с ситуацией, когда все считали его еретиком. Он умер в следующем 1542 году.
Неудача Контарини открыла дорогу противоположной партии. Примирение теперь сочли эфемерным, и истинная политика для церкви заключалась в том, чтобы определить ее доктрину и более точно осудить ошибки.
В том же самом году, как Контарини находился в Регенсбурге, Караффа посоветовал папе основать новую и влиятельную инквизицию для борьбы с ересью. Он и его сподвижники верили, что следует очистить католицизм с помощью обвинений в ереси и что политика примирения поощряет рост ереси.
Небольшое, но все же растущее число обращений итальянцев в протестантизм в течение 1542 года, включая и известный переход Бернардино Окино из капуцинов и Питера Мартира Вермильи из августинцев, дало дополнительный импульс. Римскую инквизицию основали согласно булле (Licet ab initio) от 21 июля 1542 года, назначив шестерых кардиналов (включая Караффу) в качестве генералов-инквизиторов. Им придавались беспрецедентные полномочия — они могли арестовывать подозреваемых, конфисковать собственность, казнить виновных, в то время как за папой оставляли право помилования.
Караффа немедленно приступил к исполнению своих обязанностей с рвением и энергией, которым мог бы позавидовать испанец Томас Торквемада. Он приобрел один из римских дворцов, где разместил возглавляемое им учреждение. Под его наблюдением в подвалах дворца была оборудована тюрьма, камера пыток со всяческим палаческим инструментом. Затем Караффа назначил своих полномочных представителей (комиссариев-инквизиторов) в зарубежные католические страны. Пост комиссария-инквизитора Рима получил личный исповедник папы Теофило ди Тропеа, такой же кровожадный мракобес, как и его патрон.