В итоге сошлись в том, чтобы вопросы вероисповедания и дисциплины рассматривались параллельно. Однако на трех сессиях, на которые собирался собор (в 1545–1548, 1551–1552, 1562–1563 годах), сначала занимались проблемами вероучения, считая, что в первую очередь следует противостоять протестантам. И наконец, основные усилия были направлены на урегулирование дисциплины и исправление того, что имели в виду традиционалисты, когда использовали слово «реформа».
Отцы собора вовсе не стремились что-то предлагать протестантам. Епископов, участвовавших в сессии 1545–1548 годов, в основном призвали с территорий, не пораженных протестантскими идеями, и они стремились осудить то, что казалось им ошибочным учением. Противодействуя догмату об оправдании только верой, они заявили, что вера не может служить оправданием, ее следует дополнить надеждой и любовью.
Возражая против опоры протестантов исключительно на Священное Писание, они также заявили, что с таким же почтением следовало относиться и к неписаным традициям, а также и к Священному Преданию. В ответ на заявление протестантов, что в Евангелии упоминается всего три или два таинства, утверждалось, что таинств не более и не менее как семь.
Протестантские богословы верили, что источником аутентичного текста является Библия на древнееврейском языке, поэтому рассматривали греческий текст как неканонический. Католические отцы собора, напротив, заявляли, что каноническим и священным текстом является латинская Вульгата.
Отцы Триента заявляли, что в мессе воплощено представление об истинной примирительной жертве Христа, одобряя мессы, на которых причащается только священник. Протестантские священники приписывали католикам веру в то, что во время мессы воспроизводится жертва на Голгофе. На самом деле это представление не относится к Священному Писанию. Они также полностью запрещали совершение «частных месс».
Протестанты считали, что литургию следует проводить на том языке, который понимает народ. Епископы же заявляли, что мессу следует проводить только на латыни.
Приведенные выше разногласия окончательно похоронили надежды императора и его умеренных сторонников на то, что собор будет искать примирения с протестантами. Несомненно, именно страх перед протестантизмом побуждал епископов к полному неприятию их учения.
Время от времени на соборе разносились слухи, что протестантские армии двигаются к Тренто. Иногда епископы ощущали, что их заставляют выносить решения перед лицом неизбежной угрозы, исходящей от еретиков. В 1552 году протестантская армия под предводительством Морица Саксонского находилась всего в нескольких переходах от Триента, и собор поспешно распустили.
Следует также заметить, что постановления собора по вопросам вероучения, иногда носившие явно полемический характер, встречались протестантами явно враждебнее, чем они того заслуживали. На первых заседаниях собора, где обсуждалось большинство доктринальных вопросов, присутствовало порядка 60 епископов, то есть не так много. Но даже внутри них возникло значительное несходство мнений, показывающее разнообразие средневековой теологии.
Епископ Наччианти из Кьоджи, веривший, что все необходимое для спасения содержится в Священном Писании, отстаивал свое мнение до тех пор, пока собор не решил по-иному. Чтобы оформить постановления собора, организаторам пришлось допустить большую широту мнений, чтобы люди, обладавшие различными точками зрения, могли принять как аутентичное учение католической церкви.
Тексты постановлений составлялись весьма тщательно, их язык допускал большую свободу толкования, чем считали их протестантские критики. Тщательность, с которой они правились, стала полностью очевидной лишь в XX веке, когда были, наконец, опубликованы протоколы споров и обсуждений, лежавшие за формальным одобрением канонов.
Достаточно привести только один пример: декрет от 8 апреля 1546 года по поводу канонического текста Священного Писания. Поздние критики собора сходились в том, что в этом декрете традиция, созданная вне и независимо от Священного Писания, рассматривается как второй источник Откровения. Имелось в виду незаписанное Слово, произнесенное Христом его апостолам, гарантированно принятое католической церковью. Именно так восприняли декрет многие защитники Контрреформации.
Однако протоколы обсуждения показывают, что если декрет допускает подобную интерпретацию, то к этому вовсе не стремились все возражавшие. Некоторые епископы хотели, чтобы все «традиции» святой Римско-католической церкви объявили священными. Другие епископы полагали, что таковыми следует считать только предания, святость которых подтверждается апостолами.
Предложение, что список апостольских преданий следует включить в канон, отвергли на том основании, что он может отступить от апостольской традиции и таким образом заставит христиан пренебрегать им или отречься от него. Следовательно, пункт оформили так, чтобы узаконить только те традиции, «которые всегда существовали в католической церкви».