Ничто в истории церкви не оказывалось более неподатливым, чем проблема обращения неграмотного духовенства в образованное. Протестантов шокировало, когда они увидели, что священники бормочут на мессах бессмысленные слова, аналогичные магическим заклинаниям. Теперь стали наставлять духовенство как могли, учреждая школы и колледжи, стимулируя церковные собрания к обучению, поощряя образованную часть общества делать пожертвования, трансформируя напыщенные пастырские обращения в пользу истинного и эффективного изучения Слова.
Католическая церковь также использовала всяческие методы, не исключая и проповедников. В 1538 году город Рим забыл, что стихарь является истинным одеянием, в котором полагалось проповедовать мирским священникам, поскольку те проповедовали редко. С конгрегацией стали связывать только монахов и других религиозных деятелей, молившихся в соответствии с предписаниями их ордена.
Иезуиты и позже ораторианцы попытались частично исправить этот недостаток за счет реформированного священства. На соборе в Триенте иезуитов назвали «реформированными священниками». Так же в свое время протестантов называли «глухими собаками», против чего они возражали и требовали, чтобы на епископов и духовенство была возложена обязанность проповедовать.
Однако издать закон легче, чем добиться его выполнения. Нетрудно было заявить, что духовенству следует быть образованным и произносить проповеди. Труднее оказалось — и это заняло больше времени — обеспечить, чтобы проповеди, которые произносились, не оскорбляли тех, кому они предназначались.
Несложно было постановить, что в каждой епархии следует открыть семинарию. Прошло много лет, прежде чем они появились в большинстве епархий и стали предоставлять образование, достойное того идеала, ради которого создавались. Возможно, что в протестантских странах проблема духовного образования решалась легче, потому что революционные перемены в духовном устройстве не так связывали руки властей, позволяя огромную часть пожертвований переводить на образование. Однако как в протестантских, так и в католических странах для этого требовалось проявить особые усилия.
В протестантских странах реформу часто проводили правители, находившиеся в оппозиции по отношению к папе. В католических странах процесс не намного отличался, его осуществляли через священнослужителей, а правители оказывали им ту или иную поддержку.
В католической Франции и части Южной Германии декреты даже не были получены, а Испания всячески задерживала их исполнение. Не так легко оказывалось реформировать епископат, когда столько католических правителей, включая королей Франции и Испании, стремились к почти полному контролю над назначением епископов. В конце июня 1569 года венецианский посол в Париже заявлял, что во французском суде «с епископами и аббатами обращаются как с продавцами перца и корицы».
Собор в Триенте оставался действенным реформирующим советом в основном в Италии, в других местах требовалось поощрять и стимулировать реформы. В 1580–1584 годах некоторые французские провинциальные соборы приняли декреты. Их освятили в 1615 году представители всего французского духовенства за короткий период независимого утверждения.
Испанские соборы духовенства незамедлительно согласились принять декреты в 1564 году, но не смогли добиться их практического введения без разрешения короны. В Южной Германии, благодаря искусству папского легата Коммендоне, епископы и католические правители (кроме императора) получили постановления собора в 1566 году, хотя и с небольшими оговорками.
Новые политические предпочтения папы помогли сторонникам реформ в церкви преодолеть консервативные традиции Рима. В 1565 году европейские правители считали политически независимого папу менее влиятельной фигурой, чем в 1510 году.
К 1510 году Юлий II превратил папское государство в одно из самых влиятельных в Европе, установив политическое равновесие между Францией и Германией и сохранив независимость и суверенитет папы. В 1565 году все переменилось. Папа обеднел, поскольку Германия и Англия отступили от католичества, Франция переживала гражданскую войну, взносы и налоги не выплачивались.
Испанский кардинал Компостела с холодным цинизмом писал императору Карлу V в 1555 году, что папе следует реформировать церковь, поскольку он слишком беден, чтобы делать что-либо еще. Декреты собора в Триенте нарушали традиционные источники дохода, создавая менее благополучные основания для папского государства, чтобы появлялись искатели перемен. Затем папа Павел IV (Караффа) напал на испанцев в Неаполе, выступив со своей армией, потерпел поражение и ввел папство в зависимость от Испании на сорок лет.
В 1565 году Микеле Гислиери, Великого инквизитора Павла IV (хотя он не являлся ни учеником, ни фаворитом), избрали папой под именем Пий V (1565–1572, был канонизирован в 1712 году). Более святой человек, чем предыдущий папа, Микеле Гислиери воспринимал реформу как своеобразный компромисс между политическими решениями и дипломатией.