По сравнению с папами XVI века атмосфера в Ватикане сильно изменилась. К 1559 году католическая Реформация утратила свои позиции. С одной стороны, Ренессанс с его развлечениями, гуманизмом, разумным отношением к прошлому, коррупцией продолжался, так же как и мысли о крестовом походе против сарацин, но предметом восхищения теперь стали аскеты, а не деятельные люди, изменявшие мир. С другой стороны, и мир стал жестче: стремление к дисциплине и порядку, не только восхищение аскетами, но и стремление к следованию пуританским образцам, неприязнь к обнаженным и языческим статуям, яростная борьба с продажностью церковной администрации.
Выпускались циркуляры, запрещавшие священнослужителям находиться вне своих приходов. Секретари, ранее писавшие документы в поддержку индульгенций, теперь громко обличали их преступность. Авторы скабрезных сочинений перешли на религиозные книги. Так, Пьетро Аретино, недавно имевший в Венеции подобие гарема и зарабатывавший писанием непристойных новелл и панегириков, после триумфа Контрреформации перешел к сочинению аскетических книг, заработал репутацию набожного автора и борца с ересью. Он умер в 1556 году, увенчанный званием кавалера ордена Святого Петра и бесстыдно заявляя, что отказался от кардинальской шапочки.
Ученая Италия возвращалась к благочестию церкви, итальянские поэты к священной поэзии, художники к набожным картинам. Атмосфера менялась не только в Италии. Португалец Игнасио де Азеведо был сыном священника, внуком епископа, сыном и внуком монахинь. Когда он узнал о своем происхождении, то воспринял его как четырехкратное святотатство, поверив, что должен искупить его своей жизнью, вступил в орден иезуитов, затем отправился с миссией в Бразилию, но был убит пиратами посреди Атлантического океана. Волна моральной строгости, породившая в другой части Европы пуританство, теперь укрепляла католических реформаторов.
Особое значение собору в Триенте придавали сами обстоятельства, и прежде всего то, что его не смогли созвать до 1545 года. Кардиналы считали, что собор надо созывать только в Риме, а император Карл V намеревался провести собор в Германии. В течение долгих лет папская дипломатия делала все, чтобы собор не состоялся.
Легат Александр дал доброжелательный совет папе Клименту VII: «Не проводите собор, но и не отказывайте прямо. Напротив, показывайте, что вы хотите пойти на уступки, но ссылайтесь на возникшие при этом трудности. Таким образом вы сможете контролировать процесс». Ему вторил легат Червини, предупреждая папу Павла III в одиннадцатом часу: «Не делайте резких движений, пока все не сойдутся в том, что только папа способен стать единоличным хозяином собора».
Откладывание собора облегчалось тем, что Карл V находился в состоянии войны с королем Франции. Опасавшаяся объединенной Германии, Франция так же, как и католические кардиналы, всеми силами стремилась отодвинуть созыв Вселенского собора. Однако после того, как в 1544 году между Францией и Германией был подписан мирный договор в Крепи, основная причина для отсрочки отпала, ибо в тексте договора содержалась тайная статья, в которой король Франциск I пообещал способствовать планам императора, связанным с собором.
К этому времени и папа Павел III понял, что отказ от созыва представляет большую угрозу, чем стремление его собрать. Наконец, Совету позволили собраться в 1545 году. В начале 1524 года Триент упоминается как возможное место проведения: говорится о небольшом городке, расположенном на южной стороне Альп у Бреннерского перевала. Триент находился под управлением католического епископа в Италии, поэтому итальянские епископы могли легко до него добраться. Однако формально Триент оставался внутри границ Священной Римской империи и, следовательно, соответствовал требованию Германии, чтобы собор обязательно состоялся в «немецких землях».
После бесконечных проволочек собор открылся 13 декабря 1545 года, вначале на нем присутствовало только 28 епископов. Император и папа хотели, что собор выполнял разные функции. Император считал, что он должен исправить ошибки и покончить с коррупцией в церкви, а также предоставить лютеранам некоторые уступки, важные для установления религиозного мира в Германии, например, узаконить женитьбу духовенства и причащение обоих видов.
Таким образом, император хотел, чтобы совет посвятил себя вопросам дисциплины, оставив в стороне проблемы вероучения, которые, вследствие своего опыта общения с богословами, он считал неразрешимыми. Папа же, напротив, проинструктировал главенствующих легатов, что церковь в первую очередь должна заняться вопросами вероисповедания.