Система морали, разработанная иезуитами, называлась ими «приспособительной» (accomodativa), так как давала широкую возможность в зависимости от обстоятельств произвольно толковать основные религиозно-нравственные требования. Для большей успешности их деятельности иезуитам разрешается вести светский образ жизни, сохраняя в тайне свою принадлежность к ордену. Широкие привилегии, данные папством иезуитам (освобождение от многих религиозных предписаний и запрещений, ответственность только перед орденским начальством и др.), способствовали созданию чрезвычайно гибкой и прочной организации, в короткое время распространившей свою деятельность на многочисленные страны. В Средние века иезуиты активно использовали казуистику, систему пробабилизма, а также применяли различные приемы для трактовки вещей в выгодном для себя ключе, в частности мысленные оговорки и т. п. Из-за подобной морали в бытовом языке слово «иезуит» стало синонимом хитрого, двуличного человека.
По мере того как увеличивалась численность, занятия членов ордена становились более разнообразными. Не позволялось прерывать служение Господу, которое оставалось главным занятием в обществе, так как сохранялась необходимость борьбы против еретиков. 7 апреля 1541 года Франциск Хавьер (Ксаверий) вместе с тремя иезуитами-товарищами сел на корабль, идущий в Индию. Он стал первым в длинной цепочке миссионеров, направившихся в Индию и в Америку.
В 1540 году общество оставалось небольшой группой, в основном занимавшейся образованием и пастырской деятельностью среди бедных. К 1556 году, когда Игнатий умер, в ордене состояло более 1000 членов, и оно превратилось в одну из самых влиятельных организаций в католическом мире.
Францисканцы начали с пастырства для бедных и вскоре представили профессоров в университеты. Параллельное расширение деятельности иезуитов произвело меньшие перемены, чем францисканцы. Чтобы образование детей оказалось эффективным, его следовало направить от низшего к высшему. Начальная школа не была результативной без активной средней школы, и средняя школа не функционировала, пока не начинал действовать университет.
Первую иезуитскую среднюю школу открыли в Мессине в 1548 году. Здравый смысл Лойолы предполагал новые методики, он внес свежее дыхание и практическое начало, удивительное обучение латыни в духе Ренессанса, заботу и о благочестивых манерах. Начав обучать мальчишек из римских трущоб, орден закончил воспитанием принцев, принцесс и представителей знати католической Европы.
Тем временем один университет за другим основывал колледжи, сначала в Падуе в 1542 году, главный открылся в Риме в 1551-м. Общество иезуитов превратилась в обучающий орден, став ведущей организацией, занятой высшим образованием католиков. Поскольку образовательные методики оказались эффективными, более функциональными, чем какие-либо другие в современной Европе, то их сочли возможным использовать для обучения аристократов и королей. Ассоциация иезуитов при католическом дворе показалась объединением опасным для обеих сторон, была основана на руководстве умными учителями.
Обучая католической вере в университетах, иезуиты вступали в прямое противоречие с быстро нараставшим влиянием протестантского духовенства, у которого был собственный план Реформации. Понятно, что эти представления вступали в полное противоречие с идеалами и интересами святой Римско-католической церкви.
Изучение иезуитами теологии сначала направлялось на пастырские нужды, затем его предполагали использовать с противоположной целью, и, наконец, оно исчерпало себя как академическая дисциплина.
Сам же Игнатий, несмотря на упорное прилежание, никогда не был ученым. Однако двое из его собратьев, Лайнес и Сальмерон, вошли в число ведущих католических теологов и были самыми решительными защитниками папства на Тридентском соборе. С того момента (1542 года) иезуитских отцов призвали работать в Южной Германии. Они сразу же возглавили сопротивление протестантской мысли и исканиям, опровергая протестантских богословов.
В 1549 году иезуиты начали преподавать в университете Ингольштадта в Баварии, впредь ставшем их немецким оплотом. В 1552 году в Риме они основали немецкий колледж, с того времени Игнатий стал рассматривать борьбу против ереси как главную задачу своего ордена. Его сменил на посту генерала Лайнес, необычайно способный теолог и полемист, из первых членов ордена.
В 1555 году рассудительные люди полагали, что дело консерваторов завершилось. Протестантизм продолжал распространяться в католических землях, таких как Австрия, Бавария и Чехия.
Старым теологам было все труднее и труднее противостоять новым теологам, за исключением случаев, связанных с суевериями. Благодаря своему мастерству Иоганн Экк выпустил небольшие руководства, содержавшие собранные им доводы против протестантов. Однако на более глубоком уровне просвещенное духовенство становилось на сторону реформ.